PGCGAP 是用于原核生物基因组学和比较基因组学分析管道，目前该管道包含 12 个模块，可以接受 Illumina 双端 reads、Oxford reads 或 PacBio reads 作为输入，可以完成基因组组装、基因预测和注释，并可以进行比较基因组学分析，包括构建单拷贝核心蛋白进化树以及单拷贝核心基因 SNPs 进化树，泛基因组分析与进化树构建，全基因组平均核苷酸一致性（ANI）计算，同源蛋白家族聚类及进化树构建，COG 注释，SNPs 和 INDELs calling，抗生素抗性基因 / 毒力因子预测，Multi-FASTA 进化树构建，组装后基因组短序列过滤与统计信息呈现（genome size，GC content……），序列提取，字符串去重复。CGAP更新详情如下或移步官方文档进行查看（https://liaochenlanruo.fun/pgcgap/index-v1.0.35.html#--v1035）：
Rewrite the module Pan, Panaroo is used instead of Roary and the output files have changed, see OUTPUT section for details.
Added function id2seq to module ACC for extracting the corresponding sequences from a file to another file according to a number of ids in one file.
Added function getRepeats to module ACC for counting the number of repeats of the string for the specified column in a given file.
目前代码已经完成更新，并已经将安装脚本上传至Bioconda。为了体验新功能，请大家通过“pgcgap --check-update”进行更新，最新版本号为v1.0.35（也可以全新安装，见: https://liaochenlanruo.fun/pgcgap/index-v1.0.35.html#installation）。PGCGAP会不定期更新，为了体验最新功能，请大家不定时的检查更新情况。
此外，Linux基础薄弱的老师可以到https://github.com/liaochenlanruo/pgcgap/wiki进行入门学习。
PGCGAP项目地址：https://github.com/liaochenlanruo/pgcgap
如果您觉得PGCGAP对您有帮助的话，可以分享给需要的老师和同学们，请大家多多支持，欢迎引用！
Liu H, Xin B, Zheng J, Zhong H, Yu Y, Peng D, Sun M. Build a bioinformatics analysis platform and apply it to routine analysis of microbial genomics and comparative genomics. Protocol exchange, 2021. DOI: 10.21203/rs.2.21224/v5 .
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