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安装 clusterProfiler 包

安装 clusterProfiler 包

作者: ytbao | 来源:发表于2021-10-21 00:08 被阅读0次

R 4.0.2 版本安装 clusterProfiler 包,用以前方法遇到报错:

Error: object ‘get_fun_from_pkg’ is not exported by 'namespace:rvcheck'

记录下新方法:

packageurl <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/rvcheck/rvcheck_0.1.8.tar.gz"
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")

没网时,下载到本地,本地安装
install.packages("/xx/ytbao/xx/rvcheck_0.1.8.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("clusterProfiler")
library(clusterProfiler)

我这里是bioconductor 3.11 装的clusterProfiler 3.16,不是最新的clusterProfiler 4

在本地安装没问题,同样的方法在服务器上安装,安装中间就会碰到 某些 URL连接不上URL( cannot open URL )的问题,退出了R重登再装也不行。重新开一个窗口,同样方法,重新装就没问题了。这种重新开一个窗口,重跑程序就能跑通的问题在服务器上已经经历过好几次了。虽不清楚为啥,但下次再碰到代码脚本确定无误,但就是跑不通的情况,优先新开窗口再重跑解决吧。


参考:https://support.bioconductor.org/p/9139765/

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