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2022-11-04 samtools sort: trunca

2022-11-04 samtools sort: trunca

作者: kke_wang | 来源:发表于2022-11-04 23:31 被阅读0次

从文章里下的RNA-seq的数据分析,在做到sam转bam这一步时候报错,我先用的代码是
samtools sort -O BAM -o d2_r1.sort.bam -@ 6 d2_r1.sam
然后报错:

samtools sort: truncated file. Aborting

查了资料发现似乎是nohup在作怪
所以重新回到生成sam文件的那一步,这次不用nohup,然后再去做转bam文件
成功了

处理另一个文件的时候又出现了这个错误

samtools sort hPGCLC_d2_r2.sam > hPGCLC_d2_r2.bam

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