维也纳大学源于中世纪教会统治时代，由哈布斯堡王朝亲王鲁道尔夫四世捐助，于1365年建立，其初衷是争夺教会在思想领域的势力范围。它是当时神圣罗马帝国的第二所大学，也是世界上第二所德语大学(第一所是布拉格大学)，最初开办时仿照巴黎大学的模式，如全校及各系的章程和印章都效仿巴黎大学。
1377年开始正常的校长选举和学生登记制度。
1383年前后，阿尔布莱希特三世公爵和利奥波徳三世通过捐款和改革扩大，建立和完善了神学、法学、医学和哲学文艺4个传统院系，聘请大批杰出教授任教，使学校声望及学术地位与日俱增，发展成为当时欧洲的政治、宗教、文化和经济中心。
15世纪后期，人文主义传到奥地利，该校获得新的生机。一些杰出教授使大学发展成阿尔卑斯山北麓的数学与天文学研究中心。
18世纪进行了多次不同程度的改革，其中医学系开创了“维也纳医学派”，1784年修建了当时世界上最大最先进的综合大医院和解剖示范厅。杰出人物辈出，群星芸萃。
现在的学校本部是在公元1877年至 1884年间建造的。原来的校本部位于施度本门附近的伊格纳兹一寒佩尔(Ignaz-Seipel)广场，老大学教堂和奥地利国家科学院目前仍在该处。1878后逐步开始招收女生。
第一次世界大战使学校面临绝境，但该校坚持正常的教学工作。战争一结束，师生就以极大的热情投入到建设校园的工作中。在扩充原来学科的基础上，又新建了民俗学、理论天文学、拜占庭文化和印度学等研究所。学术风气大盛。
1968年欧洲的学生运动促进了大学的民主改革。80年代新建了现代化教学科研大楼，科研和教学用大型设备完善,研究机构和研究方向逐步丰富,师资力量增强，增设了新专业、新学科，培养了大量人才，成为一所名副其实的多元化巨型大学。
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