VDJView : 探索单细胞多组学的shiny程序

Exploring and analysing single cell multi-omics
data with VDJView

也是打包好的Seurat、 monocle。

单细胞RNA测序为同时探索T细胞和B细胞的转录组和免疫受体多样性提供了前所未有的机会。然而，有一些有限的工具可以同时分析与元数据(如病人和临床信息)集成的大型多组数据集。结果我们开发了VDJView，它可以同时或独立地分析和可视化T细胞和B细胞的基因表达、免疫受体和临床元数据。该工具是一个易于使用的R闪亮的web应用程序，它集成了大量的基因表达和TCR分析工具，并接受来自基于平台（plate-based ）的测序或高通量单细胞平台的数据。

我们使用VDJView分析了几个10X scRNA-seq数据集，包括最近的150000个CD8+ T细胞的数据集，它们具有可用的基因表达、TCR序列、15个表面蛋白的定量以及44个抗原特异性
(通过病毒、癌症和自体抗原)。我们对四聚体非特异性细胞进行了质量控制、筛选、聚类、随机取样和假设检验，以发现与免疫细胞分化状态和在病原体特异性T细胞克隆扩增相关的抗原特异性基因标记。

我们还分析了来自11名受试者的563个单细胞(以平板为基础的分选细胞)，发现T和B细胞在原发癌组织和转移性淋巴结中呈无性扩增。这些免疫细胞根据乳腺癌分子亚型聚集在不同的基因标记上。

VDJView已经在实验室会议和点对点讨论中进行了测试，显示出有效的数据生成和讨论，而不需要咨询生物信息学家。VDJView能使缺乏深入生物信息学技能的研究人员进行免疫分析scRNA-seq数据，将其与克隆性和元数据配置文件集成并可视化，从而加速假设检验、数据解释和发现细胞异质性的过程。

VDJView is freely available

可以在这下载:

git clone https://bitbucket.org/kirbyvisp/vdjview.git

效果图 ：