1.R软件的安装

下载R语言的软件: https://cran.r-project.org/bin/windows/base/
下载Rstudio这个R编辑器: https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/

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2.常用基础命令

2.1sessionInfo()查看R解释器版本及运行平台信息

>sessionInfo()

2.2libPaths() 查看R包安装路径

>.libPaths()

2.3查看当前加载的R包

 >search（）

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3.R包的安装

R 包的安装基本分为两种 ： （1）本地安装 （2）在线安装

3.1本地安装 （一般不用）

https://cran.r-project.org/mirrors.html选择中国镜像-packages-Table of available packages, sorted by name-选择所需下载
这种方法缺点是无法自动安装依赖包，需要后续再安装。

3.2在线安装

3.2.1从CRAN安装

3.2.1.1指令安装

>install.packages('packageName')

这个函数会从你设置的CRAN镜像中下载指定的包的二进制代码并安装到.libPaths()指示的地方。我们也可以在函数中通过设置lib这个参数来指定安装到哪个目录。
这个函数也可以安装存放在本地的包的二进制文件，直接传给函数包的路径和包名字为参数就好。

3.2.1.1鼠标点击操作安装

Rstudio中右侧Packages-install-默认即从CRAN中下载-输入Packages名称-install

3.2.2从Github安装

devtools包的install_github()函数用于从Github上安装R包。

 library(devtools)
 install_github('hadlley/dplyr')  #（Github的仓库名+R包名）
 install_github("twitter/AnomalyDetection")

install.packages()和install_github()函数所需的参数是不同的。install.packages()只需包名即可，而install_github()需要提供Github的仓库名。这意味着当你想从Github上安装一个R包的时候你必须准确的记得它的仓库名称。
githubinstall包提供了一种类似于install.packages()的方式，只需包名即可安装R包。

 install.packages('githubinstall') #已发布至CRAN
 library(githubinstall)
 githubinstall('AnomalyDetection')

Suggetion:

• twitter/AnomalyDetection
  Do you install the package?
  1: Yes (Install)
  2: No (Cancel)

githubinstall()会从Github的仓库中搜索相应的R包，并询问你是否安装。

此外，如果你只是模糊的记得包名也可以安装成功，githubinstall包通过模糊的字符串会自动纠正包名。
githubinstall包的源代码在Github上可见https://github.com/hoxo-m/githubinstall
githubinstall包提供了若干有用的函数：

githubinstall 或者 gb_install_packages()
gh_suggest() #以向量的形式返回建议的仓库名。如gh_suggest("AnomalyDetection")

gh-suggest_username() #如果你只是模糊的记得Github用户名的时候，gh-suggest_username()函数非常有用。如gh_suggest_username('hadly')

gh-list_packages() #函数以数据框的形式返回Github上R包的仓库名列表
gh_search_packages() #函数返回Github上所有标题包含给定关键词的R包如 gh_search_packages('lasso')
gh_show_source() #显示Github上给定R函数的源代码
gh_update_package_list() #更新R包 gh_update_package_list()

githubinstall()是gh_install_packages()的别名。

3.2.3 从Bioconductor安装

安装步骤见：Bioconductor - Install

The current release of Bioconductor is version 3.10; it works with R version 3.6.0.

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
 BiocManager::install("fastcluster") #以fastcluster为例

记得检测Bioconductor 包的更新。

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4加载R包

     library(package_name)

也可以鼠标点击Rstudio右侧 packages下 各个R包前的小方块，通过勾选来实现加载功能

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5常用R包

 rm(list = ls()) 
 options()$repos 
 options()$BioC_mirror
 options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
 options("repos" =      c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
 options()$repos 
 options()$BioC_mirror

 #      https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html
 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
 BiocManager::install("KEGG.db",ask = F,update = F)
 BiocManager::install(c("GSEABase","GSVA","clusterProfiler" ),ask = F,update = F)
 BiocManager::install(c("GEOquery","limma","impute" ),ask =      F,update = F)
 BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db","hgu133plus2.db" ),ask = F,update = F)

 # 下面代码被我注释了，意思是这些代码不需要运行，因为它过时了，很多旧教程就忽略
 # 在代码前面加上 # 这个符号，代码代码被注释，意思是不会被运行
 # source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 
 # library('BiocInstaller') 
 # options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 
 # BiocInstaller::biocLite("GEOquery")
 # BiocInstaller::biocLite(c("limma"))
 # BiocInstaller::biocLite(c("impute"))

 # 但是接下来的代码又需要运行啦
 options()$repos
 install.packages('WGCNA')
 install.packages(c("FactoMineR", "factoextra"))
 install.packages(c("ggplot2", "pheatmap","ggpubr"))
 library("FactoMineR")
 library("factoextra")

 library(GSEABase)
 library(GSVA)
 library(clusterProfiler)
 library(ggplot2)
 library(ggpubr)
 library(hgu133plus2.db)
 library(limma)
 library(org.Hs.eg.db)
 library(pheatmap)