故事开头，老木的儿子于连被瑞那市长聘请做他孩子的家庭教师。
于连到瑞那市长府上任教后，与瑞那夫人产生了感情。
后来事情败露，于连不得不离开瑞那府上，在谢郎神甫的推荐下进入了贝藏松神学院深造。
由于天性记忆好，于连对任何书本上的内容都能背得滚瓜烂熟，但也给他招来了嫉妒。
在神学院他认识了彼拉神甫，由于彼拉神甫是詹深派，与其他神甫不是一个派系，而作为彼拉神甫最受器重的弟子，他也不得不遭受到了其他派系的算计。
彼拉神甫最后向神学员递交了辞呈，由于帮拉穆尔侯爵打官司的缘故，拉穆尔侯爵帮彼拉神甫谋到了巴黎郊区一家教堂的主教一职。彼拉神甫担心自己离开神学院以后，于连会早到更严重的迫害和算计，所以恳请拉穆尔侯爵为于连也谋一份差事，最终拉穆尔侯爵让于连做他的秘书。
从拉穆尔侯爵府上离开后，彼拉神甫告诉了于连自己要离开神学院，也告诉了要带他一起走并为他谋得了一份好差事的消息。
在离开维利那的前一天晚上，于连偷偷摸摸的翻进了瑞那府上，并用梯子爬进了瑞那夫人的闺房。在看到于连进入房间后，瑞那夫人先是排斥，后来在于连的甜言蜜语的下，瑞那夫人开始到于连的怀里，在月色的掩盖下，于连和瑞那夫人暧昧，当天晚上于连并没有急着离开瑞那夫人，于连恳求瑞那夫人在留他呆一个晚上，瑞那夫人答应了。
就在第二天晚上，瑞那市长看到了墙边的梯子，并且知道了于连在瑞那夫人的房间里，所以他着急的敲了瑞那夫人的房门，听那瑞那市长的敲门声，于连和瑞那夫人都很恐慌，所以于连赶紧跳窗而逃，由于长时间敲门声没有回应，瑞那市长索性撞开了房门，撞开房门的那一刻，瑞那市长刚好看到于连跳窗而逃，所以瑞那市长就拿起手枪朝于连开了一枪，由于跑的快，于连躲过了瑞那市长的那一枪。
于连逃出瑞那府后，急于搭乘车子去往巴黎，到了巴黎以后，在彼拉神甫的陪同下，于连很快就见到了拉穆尔侯爵，初次照会，侯爵就很喜欢于连，在当天，就为他安排好了在府上的一切事宜。
虽然在府上于连只是拉穆尔侯爵聘请的秘书，但侯爵允许于连和自己的家人在同一张餐桌上用餐。由于经常和侯爵的家人在一起用餐，于连接触到了侯爵的千金玛利特，玛利特被于连身上的傲慢和才华吸引着，在府上的藏书阁里，它们经常一起谈情说爱。
长时间的接触后，玛利特爱上了于连，于连也爱上了玛利特，当两人告知侯爵要结婚后，侯爵非常生气，并不同意这门婚事，过了一段时间后，侯爵态度有了好转，给了于连一笔重金，让他带着玛利特从巴黎远走高飞。可就在这时，侯爵收到了瑞那夫人寄来的信，在信中瑞那夫人说于连是个忘恩负义之人，专门靠坑蒙妇女的感情来发迹，拉穆尔侯爵把于连叫过来看了信，于连看了信后，侯爵对他说，自己不会在同意这门婚事了。
于连对于瑞那夫人的来信感到很气愤，当即他就回到了维利叶。回到维利叶后，于连在杂货店里买了手枪和子弹，趁瑞那夫人在教堂做祷告的时间，他开枪击中了瑞那夫人。枪声响后，教堂一片混乱，于连也很快被警察按住了，他也被关进了监狱里。
面对法庭的审判，于连承受自己是蓄意谋杀，请求法庭尽快判处自己死刑。在狱中，维利叶曾经的谢朗神甫来看望于连，好友傅凯也来看望他，并为他的事奔走。
谢朗神甫和好友傅凯没走多久，他的父亲带着一位裹着头巾的妇女来看他，那位妇女就是侯爵的千金玛利特，玛利特来看他，于连很受感动，但于连知道自己是蓄意谋杀，很快就会被执行死刑，所以于连请求玛利特离开自己，并让他和一位贵族公子结婚，但是玛利特怎么也不肯答应于连。
离开监狱后，玛利特跑去找主教大人，请求为于连减刑，主教大人开始不肯答应，但看到元帅夫人的信号也就不在推辞了。
很不幸的是，于连并没有减刑成功，并且被关进了地牢。在狱中，从狱卒的口里，他知道瑞那夫人并没有死，他心里想，如果临死之前能见上瑞那夫人一面就好了。
于连如愿以偿，瑞那夫人来看他了，牢房里见到瑞那夫人后，于连跪在了她面前，并向瑞那夫人忏悔，瑞那夫人也告知于连那封信并不是自己想写的，是神甫逼自己写的。说完话，两人都痛苦流涕，一切都感到为时已晚。
于连被执行死刑三天后，瑞那夫人抱着自己的孩子也离开了人世，故事就也这样的结局告终了。
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