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Ncbi-genome-download 下载蛋白质基因组

Ncbi-genome-download 下载蛋白质基因组

作者: 徒唤奈何_c5f0 | 来源:发表于2023-05-05 11:15 被阅读0次

NCBI蛋白质基因组下载

genome搜索界面

直接搜索物种或者类群的genome,可进入如上页面。点击genome,进入下面页面。


可选中 Download,下载包含assembly-accessions的table。

打开linux终端,安装ncbi-genome-download,并且把assembly-accessions单独制成xxxxx.txt

ncbi-genome-download --formats protein-fasta --assembly-accessions xxxxx.txt plant --section genbank

##--formats protein-fasta 下载蛋白质基因组fasta文件
##--assembly-accessions xxxxx.txt 从txt中读取accessions 
##--section genbank 非ref序列需要加这个参数
## plant  指定类群,必需项
运行结果

使用以上方法下载均因为网络或者服务器原因告吹,采取第三种方法如下:


新的NABI genome beta界面
选择蛋白质序列下载

下载成功后,可能会遇到解压问题。最好下载两到三次,从中找一个比较好的文件。可以使用7-zip解压而非winrar。7-zip可以跳过解压问题继续解压。把解压好的文件重新压缩,上传到集群。

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