基因家族分析（三）

基因家族流程：基因家族分析（一）

基因家族流程：基因家族分析（二）

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蛋白性质和序列分析（都是在线网站分析）

1 蛋白性质（protein properties）

1）氨基酸数量、等电点和相对分子质量预测：

http://web.expasy.org/compute_pi/
将所有的蛋白序列整理成以下形式，批量计算。
ps：CDS长度批量计算可以利用序列比对工具。

蛋白序列.png
批量操作.png

其他网站：
https://web.expasy.org/protparam/
https://web.expasy.org/protscale/

2 亚细胞定位预测（Subcellular localization）：

· 文件准备：蛋白序列，上传即可。

在线工具：
· CELLO：http://cello.life.nctu.edu.tw/
· WoLF PSORT: https://wolfpsort.hgc.jp/
· Cell-PLoc 2.0 ：http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/Cell-PLoc-2/
· TargetP：http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/

2 基因结构分析（gene structure analysis）

1）在线网站GSDS2.0（Gene Structure Display Server 2.0）：http://gsds.cbi.pku.edu.cn/

2）数据准备：gene&CDS序列或者gff3或者bed格式；可调整输出的顺序（outorder），修改label为Exon，可添加结构域存在区段。参看。

3）基因结构常见统计信息：自己excel或写程序统计

· The number of intron and exon.
· The splicing intron pattern inculding 0,1,2 phase.
· The marked region. For example kinase domain.
· sequence length.
· UTR

3 保守结构域和模体分析（conserved motif and motif annotate）

1 ）保守domain：上传蛋白序列即可

phmmer search | HMMER：上传序列，确定domain（链接到Pfam）
Pfam search：google浏览器可以使用，有的浏览器打不开
SMART
NCBI Batch CD- search.：上传序列（包含多个数据库，结果可能不一样）

2） motif分析：上传蛋白序列即可，可调整模体数量

MEME suite：http://meme-suite.org/tools/meme

注意：蛋白序列文件要求输出顺序时，输入文件中顺序要调整好

3）Motif注释(不同网站结果有点不一致，大致参考)

ScanProsite: (https://prosite.expasy.org/scanprosite/)
BoxShade Server：https://embnet.vital-it.ch/software/BOX_form.html