Python编程模板记录【不断更新...】

在写python脚本的时候可以套用模板+一些处理的语句例子更快的写好程序，因此想到来写这样的文章来与大家分享，有不足之处欢迎大家指出~

首先放上我最常用的几个模板：

模板一

#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-
# Date    : 2020-03-13
# Author  : Myshu
# Mail    : myshu0601@qq.com
# Version : 1.0

from __future__ import print_function
import getopt
import sys
import time

try:
    from Bio import AlignIO, SeqIO
except ImportError:
    sys.stderr.write("Error! BioPython is not detected!\n")
    sys.exit(1)

def usage():
    print ( 'Usage: \n'\
          ' -h | --help help \n' \
          ' -i input old bms.info\n' \
          ' -n input new bms.info\n' \
          ' -t tags file dir\n' \
          ' -o output final bms.info\n'\
          '')
oldbms = ''
newbms = ''
tags_dir = ''
outputfile = ''
try:
    opts, args = getopt.getopt(sys.argv[1:], "hi:n:t:o:", ["help"])

except getopt.GetoptError:
    print ('getopt error!')
    usage()
    sys.exit(1)

for opt,arg in opts:
    if opt in ('-h','--help'):
        usage()
        sys.exit(1)
    elif opt in ('-i'):
        oldbms = arg
    elif opt in ('-n'):
        newbms = arg
    elif opt in ('-t'):
        tags_dir = arg
    elif opt in ('-o'):
        outputfile = arg

# check the args
if oldbms=='':
    print('ERROR: There must be a oldbms file!')
    usage()
    sys.exit(1)
if newbms=='':
    print('ERROR: There must be a newbms file!')
    usage()
    sys.exit(1)
if tags_dir=='':
    print('ERROR: There must be a tags_dir!')
    usage()
    sys.exit(1)
if outputfile=='':
    print('ERROR: There must be a outputfile!')
    usage()
    sys.exit(1)

#------ def --------------------
# 打印当前时间的函数 2020-03-12 15:26:58
def PrintTime():
    now = int(round(time.time() * 1000))
    time_now = time.strftime('%Y-%m-%d %H:%M:%S', time.localtime(now / 1000))
    # 设置输出字体为浅蓝色，调色可以参照链接：https://www.cnblogs.com/fangbei/p/python-print-color.html
    time_now = "\033[0;36;40m" + time_now + "\033[0m"
    return time_now

#------ main -------------------
print(PrintTime())

模板二

#!/usr/bin/env python3
"""
Usage: python3 <script> <conf_file> <tags.list> <out_dir> <merge_prefix>
"""

import subprocess
import sys
import os.path
from util import get_config
from BioUtil import xzopen, fastaFile
if len(sys.argv) != 5:
    sys.exit(__doc__)
conf_file, taglist, out_dir, prefix = sys.argv[1:5]
# 传递参数，将参数存入字典
conf = get_config(conf_file, 'Module')
tag_num = int(conf['Number'])

我比较喜欢模板一，因为格式比较规范~
有了模板之后，就可以根据具体的处理方法对文件进行处理了，这里我根据自己平时写代码时候的习惯，收集了一些不同的处理语句（要注意语句中的变量需要自己调整），打算之后不断更新：

1、文件读写

文件句柄：'r' 、'w'、'a'(追加)、'+'（可读可写）、'b'(二进制形式)、'v'（替换为\n）

# -------------- 1. 读取文件 --------------
# 1). 使用for语句
for line in open("Test_file.txt"):
   print line,  ## 去掉每行自身的换行符
   print line.strip()  ## 去掉每行自身的换行符

# 2). 使用with文件句柄
with open(inputfile) as f:
    seqs = SeqIO.parse(f, "fasta")
    for seq in seqs:
        seq.id
        seq.seq
        len(seq)
    samps = ((seq.name, seq.seq) for seq in  sample(list(seqs),number))
    for samp in samps:
        print(">{}\n{}".format(*samp), file=output)
output.close()  ##文件操作完成后必须关闭文件句柄

# 3). 读取打包gz文件
import gzip
from Bio import SeqIO
with gzip.open("test.fasta.gz", "rt") as handle:
    for record in SeqIO.parse(handle, "fasta"):
        print(record.id)

# -------------- 2. 读取文件夹 --------------
# read tags dir  : <old name> => <tag dir>
dirs = os.listdir(tags_dir)
OldTags={}
for tags in dirs: 
    searchObj = re.search(r'^(.*).fa.gz$',tags)
    if (searchObj):
        # print(searchObj.group())
        OldTags[searchObj.group(1)] = tags_dir + "/" + tags

# -------------- 3. 写入文件 --------------
output = open(outputfile, "w")
output.writelines(str.list) #将字符串列表写入文件
output.write(str) #把一个字符串写入文件

2、提取文件名或后缀

file = os.path.basename(outputfile)
dirname = os.path.dirname(outputfile)
name, ext = os.path.splitext(file)
# name C:/test_txt
# ext .png

3、判断文件夹/文件是否存在

import os
# 判断文件夹是否存在，不存在则创建，存在则删除再创建
if not os.path.exists(out_tags_dir):
    os.makedirs(out_tags_dir)
else:
    shutil.rmtree(out_tags_dir)
    os.makedirs(out_tags_dir)
# 判断文件是否存在，存在则删除
if os.path.exists(Pathbms[Name]):
        os.remove(Pathbms[Name])

4、正则匹配和替换

# 判断当前行开头是否为‘#’
if (line.startswith('#')):
        print line

# 判断字符串中是否有子字符串
if '.' in name:
    print("No '.' in Names!")
    exit(0)

# 字符替换
name = name.replace(".","_")

#去除空行
import re
for line in open(file):
    if re.match('^\s*$', line):
        continue

5、去除字符串空白

"···xyz···".strip()            # returns "xyz"  
"···xyz···".lstrip()           # returns "xyz···"  
"···xyz···".rstrip()           # returns "···xyz"  
"··x·y·z··".replace(' ', '')   # returns "xyz" 

6、不断循环

# 不建议使用递归函数进行循环，因为递归函数会导致栈溢出
# 不管运行是否报错均可执行，可以加入break，自动停止，否则会一直运行下去
while True:
    try:
        x = int(input('Please enter a number: '))
        #break
    except Exception:
        print('That was no valid number.')

7、读取shell脚本，并获取返回值

        cmd = f"grep \"TotalReads \"  {fq1_data_path}/*.report|awk 'NR==1{{a=$2*4/40000000;print int(a)==(a)?int(a):int(a)+1}}'"
        p = subprocess.Popen(cmd, shell=True, stdout=subprocess.PIPE)
        stdout, stderr = p.communicate()
        file_num = stdout.decode("utf-8")
        file_num = int(file_num.strip())
        print(file_num)