jModelTest的使用

jModelTest 是用来计算最优核苷酸替代模型，依据的方法有5个，包括最常见的AIC和BIC

jModelTest is a tool to carry out statistical selection of best-fit models of nucleotide substitution. It im-plements five different model selection strategies: hierarchical and dynamical likelihood ratio tests(hLRT and dLRT), Akaike and Bayesian information criteria (AIC and BIC), and a decision theorymethod (DT).

下载网址为：http://code.google.com/p/jmodeltest2.

下面简单记录下在图像交互界面怎么使用：

1上传比对好的文件：File-Load Alignment

2 Analysis-Compute Likelihood Scores，这一步是最耗时的一步，数据很大的话可以去凉快的地方歇会儿去。

3 Analysis- Do BIC calculations，这里以BIC为例。这里的BIC 是进化模型的选择标准。常见的进化模型的选择标准有BIC（贝叶斯信息标准，Bayesian Information Criterion）、AIC（赤池信息标准，Akaike Information Criterion ）和LRT（分层似然比检验，hierarchical likelihood-ratio test）。

4打印出结果：Results-Build HTML log，会形成一个网页结果文件，打开如下图：