美文网首页
limma输入矩阵问题

limma输入矩阵问题

作者: 一路向前_莫问前程_前程似锦 | 来源:发表于2020-03-23 16:44 被阅读0次

limma在输入的归一化之后的表达矩阵,一定要经过log2处理,只有经过log2处理才可以作为输入的表达矩阵,TPM,FPKM等尽量也要归一化处理
计算得出的logFC 本质上就是两个组别的平局值的差值


image.png
image.png

分子分母决定权,由levels参数决定,谁在前面谁是分母,如下图,计算的结果就是low-high

image.png

还有一点:两个红框要保持高度统一


image.png

当我们换一个level顺序:


image.png
结果如下: image.png

相关文章

网友评论

      本文标题:limma输入矩阵问题

      本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/vppwyhtx.html