思考问题的熊-转录组

知识点一：alias的使用

用vim在在.bashrc里加入以下代码：

#重定义ls
alias ls="ls --color=auto"
alias ll="ls -ahlF"

#重定义cd
alias cd2="cd ../.."
alias cd3="cd ../../.."
alias cd4="cd ../../../.."
alias cd5="cd ../../../../.."
alias cd6="cd ../../../../../.."

#每次cd后打印当前目录
cdls() {
    cd "${1}";
    ls;
}
alias cd='cdls'
参考：https://www.jianshu.com/p/ad605d4fa6f6
#更改背景颜色
# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
    . /etc/bashrc
fi

if [ "$TERM" = "xterm" ]
then
export PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"
else
export PS2="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"
fi

知识点二：conda的使用

在conda无法使用的情况下，学习用make编译安装软件，具体参考samtools；如果没有权限的情况下需要用make clean删除之前编译的，并在configre里加--prefix=有权限的目录

知识点三：学会循环和nohup

假设有sample1_R1_fastq.gz、sample1_R2_fastq.gz、sample2_R1_fastq.gz、sample2_R2_fastq.gz这四个文件，使用fastqc进行质控：

ls *gz | xrags -I {} echo 'fastqc {}'   #-I指定替换字符为{}  （可以是任意字符）
#将命令放入后台：
ls *gz | xrags -I {} echo 'nohup fastqc {} &'