R语言初识

首先需要：(1) 安装好R及RStudio；(2) 将R_01文件夹下载好并放至桌面

基本学习规划：
R语言基础 + GEO + Linux基础--转录组数据分析 / TCGA和单细胞

R语言课程安排：
（1）R和RStudio
（2）数据类型
（3）数据结构
（4）函数和R包
（5）文件读写
（6）绘图
（7）应用专题

1. 什么是R

R语言是一门是用函数来处理数据的编程语言。R是一种交互式会话，用户发送命令，R执行并返回结果。

2. 什么是RStudio

R语言的集成开发环境

• 大于号 '>' 是R语言的命令提示符

3. 打开RStudio

打开RStudio时的界面

4. 如何在RStudio中新建项目（R projct）

• 建议在开始一项新的分析之前都要新建一个项目文件夹，主要目的是便于管理你的数据（在这里运行代码得到的与你本次分析相关的所有数据及结果均会保存在此文件夹中，不会混乱），记住：永远通过Rproj来管理你的工作目录！！
• 具体方法：RStudio界面左上角 File → New Project → New Directory → New Project → Directory name（命名为learnR） → Create project as subdirectory of （目录选择桌面） → Create Project，然后RStudio界面将会跳转为下面图片这样

创建名为learnR的R project

• 与此同时，桌面将会出现一个名为learnR的文件夹，内部有且仅有一个文件，名为learnR.Rproj

上述操作你应该也是可以成功的，如果失败的话，关闭RStudio重新打开再创建试试看，注意目录和名字一致就可以啦

5. 如何在RStudio中新建脚本

• 接下来的操作都在step4的基础上进行，我们先新建一个R脚本文件：File → New File → R script

新建脚本文件

• 然后RStudio将会呈现下面四个面板，也就是RStudio最常见的四分格视图

新建脚本后的界面

6. RStudio四分格视图的详细介绍

RStudio经典四分格

• （1）脚本编辑框：这里可以任意你想写的代码，此框左上角的保存按钮便于随时保存你写的脚本。写完代码后，鼠标放在某一行，点击右上方的Run或者快捷键Ctrl + Enter即可运行此行代码。
• （2）控制台：可自行输入、运行代码并显示结果。除了脚本编辑框，你当然也可以在控制台写上你想运行的代码，回车即可运行（但控制台可不能用来保存你的代码噢！）；代码运行结束后得到的结果（比如你输入: 1+1得到的2）会在下方显示出来。代码一旦运行就不能撤回了噢！
• （3）环境和历史：你创建的变量或得到的数据对象会在环境中显示；历史主要展示了你既往运行过的一些代码，可以帮助你回顾，但是重要的代码还是建议你做好保存，因为历史代码暂存一段时间后就没有啦。
• （4）文件、图片、R包和帮助文档：点击此框右上角 "R" 即可显示我们当前所在的目录；运行代码后得到的图片会在Plots小窗口可视化出来；Packages可以帮助我们查看所拥有的R包；Help可以辅助我们查看R包的帮助文档（各个参数的含义及使用方法等）。

7. RStudio界面设置

RStudio的整体界面调整方法：Tools → Global Options → Appearance → 设置完成后点击Apply即可应用 (动动手很容易就了解啦)

8. 一起来与R交互式会话

• 整体的运行过程可以总结为：用户向R发送命令，R执行命令并返回结果，俗称交互式会话（session）
• 如何与R交互式会话呢？
  （1）控制台交互：在控制台输入代码，Enter键即可运行代码

控制台交互

（2）脚本编辑框交互：鼠标放置在某一行/三击鼠标选中某一行 → Run/Ctrl + Enter（mac是cmd + enter）即可运行

脚本编辑框交互

9. 脚本注释

#号后面的内容即为注释, 注释快捷键：Ctrl + Shift + C

10. 保存和关闭

• 脚本保存：点击脚本编辑框左上方保存符号，命名（.R结尾文件，不要使用中文字符），要注意保存位置。

在这里代码文件是保存在已建好的learnR文件夹中了

需要注意一点：脚本、数据、图片的默认保存位置，即文件读取的默认位置，就是我们当前的工作目录 (Rproj所在的文件夹)（当前工作目录可以通过getwd()函数查找确认）

11. 今日练习题

（1）新建一个Rproject, 命名为biotrainee
（2）将first.R和x.csv存入你的biotrainee文件夹下
（3）在Rstudio右下角打开first.R
（4）逐行运行first.R中的代码，看看运行后产生了什么结果

# first.R详细代码
x1 = read.csv("x.csv") # read.csv()函数是读取.csv文件的函数，运行后环境中会出现一个名为x1的对象
head(x1)  # 查看x1数据的前几行，默认前6

pdf("x.pdf")  # pdf()函数保存图片,开始画图
plot(x1$len,col = factor(x1$dose))  # plot()函数绘图
title("Have a try")  # 图片标题
dev.off()  # 关闭画板

write.table(x1,"x.txt")  # 将名为x1的数据导出保存为.txt文件

# x.txt文件内容（在桌面新建一表格，复制粘贴到其中另存为csv文件即可）
len supp    dose
4.2 VC  0.5
11.5    VC  0.5
7.3 VC  0.5
5.8 VC  0.5
6.4 VC  0.5
10  VC  0.5
11.2    VC  0.5
11.2    VC  0.5
5.2 VC  0.5
7   VC  0.5
16.5    VC  1
16.5    VC  1
15.2    VC  1
17.3    VC  1
22.5    VC  1
17.3    VC  1
13.6    VC  1
14.5    VC  1
18.8    VC  1
15.5    VC  1
23.6    VC  2
18.5    VC  2
33.9    VC  2
25.5    VC  2
26.4    VC  2
32.5    VC  2
26.7    VC  2
21.5    VC  2
23.3    VC  2
29.5    VC  2
15.2    OJ  0.5
21.5    OJ  0.5
17.6    OJ  0.5
9.7 OJ  0.5
14.5    OJ  0.5
10  OJ  0.5
8.2 OJ  0.5
9.4 OJ  0.5
16.5    OJ  0.5
9.7 OJ  0.5
19.7    OJ  1
23.3    OJ  1
23.6    OJ  1
26.4    OJ  1
20  OJ  1
25.2    OJ  1
25.8    OJ  1
21.2    OJ  1
14.5    OJ  1
27.3    OJ  1
25.5    OJ  2
26.4    OJ  2
22.4    OJ  2
24.5    OJ  2
24.8    OJ  2
30.9    OJ  2
26.4    OJ  2
27.3    OJ  2
29.4    OJ  2
23  OJ  2

得到的结果如下：

• 假如你遇到了打不开pdf文件的翻车记录，有可能是因为你没有关闭画板（即运行dev.off()函数）
• 假如你并没有将x.csv文件加入到biotrainee工作目录下，将会一路报错，你要尽量看一下系统给你的报错内容，有没有具体原因？不要一报错（error）就开始焦虑。要尽量尝试着去解决问题。

12. R语言在跟你说什么？（这个总结太棒了！！）

总结了一个不太顺口的小口诀：
出现大于号即成功，加号说明不完整，补充完整即可行；
红点卡住可等待，时间太长可重启；
加载提示要交互，否则一直纠缠你；
warning红色不要紧，error一定要解决；
不要焦虑求帮助，自行体会解疑问。

13. 小结

小结

R语言的正确打开方式（每次开展新的分析都建议新建一个R project，一方面便于数据管理，此外还可方便你拷贝整体内容在其他地方进行分析）

小小练习2

答案：B,A,AB,BCD