整体史应该建立在扎实的碎片、部分研究之上。我们反对的是碎片化研究，不是反对碎片研究。历史学是一门实证的人文社会科学，它离不开详细的考证与具体的个案研究。只有研究透每一个人、每一个村落，才能真正了解群体与地域之内的个体是否存在共性，是否能将其视为整体。
我们必须了解“非碎无以贯通”的道理，顾颉刚谈到：“必有零碎材料于先，进一步加以系统之编排，然后再进一步方可作系统之整理。”若只“要系统之知识，但不要零碎的材料，是犹欲吃饭而不欲煮米。”
有些因时代因素而虚假繁荣的东西，一旦风云突变，其转瞬间就会“烟消云散”，所以顾氏强调：“与其为虚假之伟大，不如作真实之琐碎。”不以扎实碎片研究为基础的整体研究就宛如空中楼阁，是经不起时间的长期考验的。
部分的历史或碎片研究要在整体史的关照下进行，才会有意义，才不致于陷入碎片化的困境。如果就微观言微观、就部分谈部分，它的研究意义毕竟有限，正如彼得·伯克所说：“微观历史研究若想规避回报递减法则，那么其实践者应多关注更大范围的文化，并展示小社区和大历史趋势之间的关联。”
凡属成功的部分的历史或碎片研究，都是“以小见大”“见微知著”式的研究，都是从微观研究中展现了其宏观旨趣。马克思、恩格斯在其自己的社会史研究中就强调以整体史的关怀进行区域史或群体史，如在《新发现的一个群婚实例》一文中，他就认为军队的历史并非只是单纯的军队历史，而是“市民社会的全部历史非常明显地概括在军队之中。”
王国维同样强调做史学研究需要“从弘大处立脚，而从精微处着力”只有在整体视野下从事微观研究，才不会造成微观研究的碎片化：“虽好从事于个别问题，为窄而深的研究，而常能从一问题与他问题之关系上，见出最适当之理解，绝无支离破碎、专己守残之敝。”
（五）处理好微观研究与宏观理论之间的辩证关系
微观研究与宏观理论本是车之双轮、鸟之双翼，它们是相互联系、相互依存的。但是目前学界却存在不少将二者割裂开来的情况，从事微观研究的学者打着自己系实证研究的幌子指责宏观理论的空疏，而从事宏观理论研究的学者却对微观研究嗤之以鼻、不屑一顾，认为对方的研究琐碎、无意义。长期以往，学术交流势必会受到严重干扰，最终会导致学术研究的停滞不前。
微观研究是宏观理论的基石。只有建立在扎实的微观实证研究基础之上的理论体系，才会打动人心、令人信服。另外，学者们在进行微观研究时，还要有建构宏观体系的理论自觉，要适时总结相关规律性认识，并做出自己应有的理论贡献。
较为出色的微观研究都是在进行扎实具体研究的同时，尝试对更宏大的历史进行解释。譬如，杜赞奇的《文化、权力与国家：1900-1942年的华北农村》，马俊亚的《被牺牲的“局部”：淮北社会生态变迁研究（1680-1949）》都是从具体区域着手，深入探讨研究对象，并将其放入大历史的进程中进行考察。
通过具体区域社会史研究，得出具有普遍共性的历史认识。李开元《汉帝国的建立与刘邦集团——军功受益阶层研究》探讨的是中央官僚体制下的王朝历史循环问题，虽然研究对象选取的是秦末汉初，详细考察了刘邦集团如何渐进转化为新的统治阶层的历程。最后落实到讨论“军功受益阶层”究竟是汉初的特殊产物，还是中国几千年历史都始终贯穿的一个重要问题。
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