linux环境下的软件安装

Conda——linux的应用商店

最方便快捷的软件下载器，相当于App store，日常生信使用Miniconda即可。

Miniconda的下载与安装

下载地址清华大学开源软件镜像站
根据服务器（输入命令 uname -a）下载最新版本（Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
）
进入服务器安装软件的目录，用wget 下载链接命令将文件下载到目录中
bash 安装包名命令进行安装，根据提示输入yes或点击enter键完成安装
输入source ~/.bashrc来激活conda
命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了
使用下面命令添加镜像网站
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda conda config --set show_channel_urls yes

Miniconda的使用

conda list 查看当前服务器上安装的所有软件列表
conda search 软件名 搜索conda软件
conda install fastqc -y 安装软件（-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes）
conda install fastqc=0.11.7 -y 安装指定版本
conda remove fastqc -y 卸载软件

Conda环境的设置

conda环境：为满足不同任务而设定的不同的软件组合
conda info --envs 查看当前conda有哪些环境
conda create -n 环境名 python=3 软件名 -y创建新的环境。指定python版本是因为有的软件是基于python开发的，不同软件直接空格连接
conda activate 环境名 激活环境
conda deactivate 退出当前环境

以上均来源于微信公众号——生信星球