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单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》1.概论

单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》1.概论

作者: Biomamba生信基地 | 来源:发表于2022-08-21 21:11 被阅读0次

前言:

在前面的九讲内容里(在?B站综合排序第一的单细胞课程不来学?)我们已经花了超过两个小时的时间教会大家怎样使用R语言以及完成单细胞测序数据基础分析中的基础操作,而后面的几节课程里我们将带领大家开始全新的篇章——进阶分析教学(已经被大家催麻了)。按照绪论里的顺序,我们就从细胞通讯开始入手。


减少工作量、直接看视频吧,B站同步播出:

单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》1.概论


如果你还没学完基础课程,一定要跟着下面蓝色超链接的顺序走,每篇文章中的超链接要点开看(按顺序掌握自然没有疑问):

保姆级教程,代码部分整理在往期推送之中:

手把手教你做单细胞测序数据分析(一)——绪论

手把手教你做单细胞测序数据分析(二)——各类输入文件读取

手把手教你做单细胞测序数据分析(三)——单样本分析

手把手教你做单细胞测序数据分析(四)——多样本整合

手把手教你做单细胞测序数据分析(五)——细胞类型注释

手把手教你做单细胞测序数据分析(六)——组间差异分析及可视化

手把手教你做单细胞测序数据分析(七)——基因集富集分析

上游fastq文件处理:

单细胞分析的最上游——处理Fastq文件:cellranger

单细胞分析的最上游——处理Fastq文件:dropseqRunner

其他单细胞相关技术贴也在这里:

细胞的数量由誰决定?

单细胞中应该如何做GSVA?

答读者问(三):单细胞测序前景

答读者问(四):如何分析细胞亚群

答读者问(六):Seurat中如何让细胞听你指挥

答读者问(八):为什么Read10X也会报错?

答读者问(十)整合后的表达矩阵,如何拆分出分组信息?

答读者问(十一)如何一次性读取一个目录下的cellranger输出文件?


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