比对率还高！！！
从Hisat2官网下载了大鼠的基因组索引文件，又从Ensembl网站下载了注释文件，第二天早上发现HTseq结果中所有基因计数都为0，直觉告诉我，应该是注释文件和索引文件中的染色体名称不对应，一个为chr1，一个为1，
为了统一，又从Ensembl网站下载了基因组文件，以便自己构建索引文件。为了节省下载时间，下载了后缀名为dna.rm.toplevel.fa的基因组。结果这次比对率特别低，唯一比对的reads只有73%，比对时间特变长，比之前长了8倍。
Ensembl网站每个物种有三种基因组，后缀名分别为dna.toplevel.fa，dna.rm.toplevel.fa，dna.sm.toplevel.fa，
建议使用dna.toplevel.fa构建索引文件。
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我们建索引的时候，有全文索引、主键索引、唯一性索引、普通索引等，前面两个好理解好区分，大家都知道啥时候用，后面两个...
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本文标题：索引建的好，比对时间少
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