单细胞36计之24---在火山图上标记基因名字

24、第二十四计 假道伐虢
以借路为名，实际上要侵占该国（或该路）。虢，诸侯国名。也作“假道灭虢”。

代码来源

下面代码来源于geom_text_repel的帮助文档

p <- ggplot(mtcars,
            aes(wt, mpg, label = rownames(mtcars), colour = factor(cyl))) +
  geom_point()
# Hide some of the labels, but repel from all data points
mtcars$label <- rownames(mtcars)
mtcars$label[1:15] <- ""
p + geom_text_repel(data = mtcars, aes(wt, mpg, label = label))

做出的图是这样：

image

可以看到，一部分点有标签， 一部分没有，思路就是把不要标签的部分变成空字符串“”。

学以致用

火山图的本质就是点图，那么在火山图上标记部分基因，就是在点图上标记部分点。

参考这个思路为火山图加标签：

（美图预警）

step1:先把图画出来

load("data.Rdata")
head(data)
#       symbol     p.value        FC change 
#1            PCMTD2 1.53544e-11 1.3548360 Stable      
#2                KIAA0087 6.71382e-13 0.7314603 Stable      
#3                 AFAP1L1 4.24611e-12 0.6284560 Stable      
#4                  CHMP1A 3.76821e-09 1.6035994 Stable      
#5                  TRERF1 1.80652e-08 0.6875469 Stable      
#6                     C8B 7.88047e-04 1.2374303 Stable      
data$change = ifelse(data$p.value < 0.000001 & abs(log2(data$FC)) >= 1, 
                        ifelse(log2(data$FC)> 1 ,'Up','Down'),
                        'Stable')

p <- ggplot(data = data, 
         aes(x = log2(data$FC), 
             y = -log10(data$p.value), 
             colour=change,
             label = data$symbol)) +
  geom_point(alpha=0.4, size=3.5) +
  scale_color_manual(values=c("blue", "grey","red"))+
  xlim(c(-4.5, 4.5)) +
  geom_vline(xintercept=c(-1,1),lty=4,col="black",lwd=0.8) +
  geom_hline(yintercept = -log10(0.000001),lty=4,col="black",lwd=0.8) +
  labs(x="log2(fold change)",
       y="-log10 (p-value)",
       title="Differential metabolites")  +
  theme_bw()+
  theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5), 
        legend.position="right", 
        legend.title = element_blank())
p

image

step2:筛选部分基因，用于显示在图上

想在图上做修改，一半是调参数，一半是调数据。我们现在要做的就是调数据：要标记的，label=基因，无需标记的，label=“”。

⭐重点就在这里：

data$label=ifelse(data$p.value < 0.000001 & abs(log2(data$FC)) >= 1,data$symbol,"")

step3：将文字图层叠加上去

p+geom_text_repel(data = data, aes(x = log2(data$FC), 
                                   y = -log10(data$p.value), 
                                   label = label),
                      size = 3,box.padding = unit(0.5, "lines"),
                      point.padding = unit(0.8, "lines"), 
                      segment.color = "black", 
                      show.legend = FALSE)

image

但是我发现，这个只是适用于数据量比较小的时候，这个例子只有170个点，而一般来说火山图数以万计的行，用这个方法容易失败。下午尝试了几次大的数据，结果Rstudio无一例外的嘎嘣了。

了解更多可参考链接：https://www.jianshu.com/p/aaae171ffe75