最近在使用老版本的基因组时，需要从V4转到V3,使用Picard的Liftover函数一直报错，经查询可能是基因组文件有问题。在经历多次探索，发现基因组文件不正确。
基因组文件格式一般是：fasta或者是fa.gz
在基因组组装时，是从contig组装成scaffold，然后在根据图谱，组装到Chromosome染色体上。
我把Scaffold当作Chromosome格式使用，程序自然会报错。
最近在使用老版本的基因组时，需要从V4转到V3,使用Picard的Liftover函数一直报错，经查询可能是基因组文件有问题。在经历多次探索，发现基因组文件不正确。
基因组文件格式一般是：fasta或者是fa.gz
在基因组组装时，是从contig组装成scaffold，然后在根据图谱，组装到Chromosome染色体上。
我把Scaffold当作Chromosome格式使用，程序自然会报错。
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本文标题：基因组组装：contig,scaffold ，Chromosom
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/ydxyyhtx.html
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