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单细胞测序barcode和umi

单细胞测序barcode和umi

作者: 皮皮pig | 来源:发表于2022-11-28 15:41 被阅读0次

Barcode:标记细胞

UMI:标记基因

10xBarcode是一段16nt的核苷酸序列,Barcode序列是用来标记细胞:在Barcode与细胞融合形成水凝珠之后,可以保证一个细胞的所有基因序列都带着相同的Barcode序列,也就可以认定这些序列来自同一个细胞。

UMI是一段12nt的核苷酸序列,每一个 mRNA,随机连上一个 UMI,因此可以计数不同的 UMI,最终计数 mRNA 的数量。

UMI的作用是绝对定量,因为每个mRNA的扩增效率是不一样的,即使两个初始的mRNA表达量一致,在多轮扩增之后,我们也会误认为他们差异表达。UMI通过初始的标记,让我们可以统计扩增后UMI的种类就可以知道原始的表达量了。

10X genomics单细胞测序通过Barcode来标记细胞UMI 来标记转录本,这样与参考基因比对后就可以定量细胞以及基因的数量。

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