GEO数据下载及读取时遇到的问题

作者: 小白兔和小毛驴 | 来源:发表于2021-11-12 19:42 被阅读0次

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read.table读入文件时，当文本中有空值时

anno<-read.table("anno_GPL6480.txt",header = T, sep ="\t",dec = ".",quote="",comment.char = "" ,na.strings = c("NA"),fill=T)

GEOquery包的getGEO函数无法下载无法与服务器建立连接

通常只有的网络错误，都很诡异，毕竟长城在这里。

解决方式也简单，加上代码： options( 'download.file.method.GEOquery' = 'libcurl' ) 即可

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