类似于FastQC,VariantQC同样是产出html界面。
VariantQC
是基于GATK4开发的DISCVRSeq
的其中一个java包。
VariantQC的教程
VariantQC文档
git clone https://github.com/BimberLab/DISCVRSeq/
##需要构建索引文件
java -jar DISCVRseq.jar VariantQC -O output_file -R ref.fa -V variant.vcf
类似于FastQC,VariantQC同样是产出html界面。
VariantQC
是基于GATK4开发的DISCVRSeq
的其中一个java包。
VariantQC的教程
VariantQC文档
git clone https://github.com/BimberLab/DISCVRSeq/
##需要构建索引文件
java -jar DISCVRseq.jar VariantQC -O output_file -R ref.fa -V variant.vcf
本文标题:VCF文件的可视化:VariantQC
本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/yukmectx.html
网友评论