ngsplot--在基因水平上二代测序数据的可视化

写在前面
不知道为什么导师就是觉得ngsplot画的图好看，还想添加新的基因组。搞了两三天没啥结果，只能放弃。ngsplot已经是七八年前的工具了，现在也很少维护。支持的基因组也不太多，希望早日有人发现如何添加新基因组。

1. 安装
   1.1 创建新的环境必须python2.7

conda create -n ngsplot python=2.7

1.2 由于我用的服务器是cluster，所以ngsplot不能直接调用R,不想自己下载R,所以用conda安装ngsplot.

conda activate ngsplot
conda install r-ngsplot

1.3 安装成功，进行测试。

2.测试
2.1 查看安装成功的基因组

 ngsplotdb.py list
ID           Assembly     Species                  EnsVer   NPVer    InstalledFeatures
hg19         GRCh37       homo_sapiens             75.0     3.0      cgi,exon,genebody,tss,tes
ITAG24       ITAG2.4      solanum_lycopersicum     0.0      3.0      exon,genebody,tss,tes
Tair10       TAIR10       arabidopsis_thaliana     21.0     3.0      exon,genebody,tss,tes

2.2 删除不需要的基因组

ngsplotdb.py    remove  ITAG24

2.3 进行测试

ngs.plot.r -G hg19 -R tss -C hesc.H3k27me3.1M.bam -O hesc.H3k4me3vsInp.tss -T H3K4me3 -L 3000

好奇怪，有报错!?

Configuring variables...
Using database:
/r-ngsplot-2.63-7/database/hg19/hg19.ensembl.genebody.protein_coding.RData
Done
Loading R libraries.....Done
Analyze bam files and calculate coverage.....Done
Plotting figures...Done
Saving results...Done
Wrapping results up...sh: 1: : Permission denied
Warning message:
In system2(zip, args, input = input) :
  erreur lors de l'exécution d'une commande
Done
All done. Cheers!

3. 查看结果

   
   test.jpg

对比了其他人产生的结果，好像图是没有问题的，在后面的应用中再查找原因。

写在后面:
a, To make each day count.
b, Destiny takes a hand.