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学习小组Day7笔记--大羽

学习小组Day7笔记--大羽

作者: 海岛眠 | 来源:发表于2018-10-15 00:49 被阅读38次

一、教程思维导图

生信星球公众号教程

二、知识点

1.三种测序方法的区别及特点

对比
根据优缺点联想各种测序的应用。

2.三种测序方法的过程和原理
根据原理的方法名,记忆三种测序方法的过程,记忆原理。
文字版的原理,总结的比较全
图片版原理
视频版原理 密码:bxsry4

3.测序类型(根据组学分类)
信息流各个阶段:总结-来自生信星球公众号
基因组→转录组→蛋白组→代谢组

4.测序相关的概念
高通量测序、
基因组测序(无参重头测序,有参重测序)、
测序中间产物(read、Contig、scafford)

5.常用数据格式
1️⃣Fastq & Fasta

Fastq
Fasta
转换

FASTX-Toolkit
•一款用于处理Short-Reads FASTA/FASTQ文件的程序,里面包含了丰富的Fasta/Fastq文件格式转换、统计等命令。
http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/

2️⃣GenBank & EMBL


GenBank
EMBL

转换
EMBL → Fasta格式转换(在线工具):
http://www.geneinfinity.org/sms/sms_embltofasta.html

3️⃣常见测序文件格式解析网站
网站包含了各种各样的测序文件格式说明,可以了解文件格式各行各列的含义。

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