RIP-Seq（5）-- motif分析

寻找hnRNPK与CBFB公有peak的motif

构造HOMER软件指定使用的peak文件格式
该文件格式需要五列信息（使用Tab分隔），分别是 peak ID , chr , start , end ,strand 。

awk '{print "peak_"NR"\t"$1"\t"$2"\t"$3"\t+"}' hnRNPK_CBFB_FLAG_antibody.bed >hnRNPK_CBFB_FLAG_homer.bed
处理后数据长这个样子
head hnRNPK_CBFB_FLAG_homer.bed
peak_1  chr21   8211187 8441073 +
peak_2  chr7    72879373    72921636    +
peak_3  chr7    73301119    73302966    +
peak_4  chr7    72925226    73300108    +

Motif 分析及peak注释

findMotifsGenome.pl hnRNPK_CBFB_FLAG_homer.bed hg38 hnRNPK_CBFB_FLAG_homer -len 8,10,12
# peak文件：CBFB_FLAG_antibody_peaks.bed
# 基因组版本：hg38
# 输出路径：../homer/CBFB_FLAG_antibody_motif
# motif长度：-len 8,10,12 
# motif的软件默认长度为8，10，12