STOmics

来自 Chen, Ao, et al. "Spatiotemporal transcriptomic atlas of mouse organogenesis using DNA nanoball-patterned arrays." Cell 185.10 (2022): 1777-1792.

时空芯片由布满了数十亿规则阵列排布的单链线球状DNA纳米球（DNA NanoBall,DNB ）组成。DNB是以单链环状DNA为模板，经过滚环复制得到的产物。每个DNB直径220nm，两个DNB中心点距离为500nm，每 100um2能提供400个位点。通过DNBSEQ技术对固定在芯片上的DNB进行测序，得到一一对应的coordinate ID（CID）。DNB经过stereo-seq独有的生化方法合成带有CID的DNB后链接分子编码（molecular ID，MID用于区分不同的转录本）和polyT，从而捕获有力的mRNA。标准的stereo-seq文库的CID序列长度为25bp,MID长度为10bp.

Stereo-seq技术原理.png

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