linux安装软件流程

第一步，简单了解conda--“linux的应用商店”
第二步，给你的服务器下载conda-我们用它的精华版--miniconda就可以。
第三步，安装和配置miniconda
第四步（重点），使用miniconda，也就是查看已安装的软件、搜索、安装、卸载（生信需要的）软件

1.下载miniconda

百度/谷歌搜索“miniconda 清华”（是清华的conda镜像网站）

进入：
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
你会看到linux下面有64-bit（x86_64）、32-bit(x86)两种版本
接下来，查看服务器是多少位的：输入命令 uname -a
安装最新版本（latest）
右键-复制下载链接
输入命令下载
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
注意：sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。

2.安装miniconda

Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

根据提示按enter

image.png
按回车跳过版全信息

image.png
然后按yes，根据提示按enter,再按yes，安装成功

image.png
激活来激活conda
source ~/.bashrc
命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了

image.png
添加镜像
conda镜像配置(参考程程笔记，在这里感谢感谢)
查看镜像 conda config --show channels
添加镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
设置安装时显示包的来源
conda config --set show_channel_urls yes
移除镜像
conda config --remove https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
image.png

使用conda

查看当前服务器上安装的所有软件列表
conda list
image.png
搜索conda软件
conda search fastqc【这里以数据质控软件fastqc为例】
image.png
安装软件
conda install fastqc -y 【-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes】
(默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本,如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y)
卸载软件
conda remove fastqc -y

附加学习

1.conda 环境”。
生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？办法就是分身！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

查看环境
conda info --envs (前面带*的就是默认的)

image.png
比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的。)
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
创建完之后，再次查看一下我们的conda环境，conda info --envs ，看是不是多了一个rna-seq。但是发现，默认还是base

image.png
激活新的conda环境了
conda activate rna-seq

image.png
接着，你可以输入fastqc试试，如果出现下面的一大片信息就说明可以使用了
退出新环境(回到之前默认的环境中）
conda deactivate

image.png