南越灭亡后，杨仆曾希望率军攻打闽越，但汉武帝命他的水军暂时休养，并利用这段时间巩固对中国南方地区的控制。公元前111年，两路楼船军发兵攻打闽越。杨仆率军从广东北上，横海将军韩说从宁波南下，最后两路楼船军在闽越王城泉州（古称刺桐）附近会师。闽越王见到眼前兵力强大的汉军，不战而降。
之后，汉武帝又将目光转向了卫满朝鲜。卫满建立政权后，控制了朝鲜半岛的北部地区（今朝鲜平壤一带）。汉武帝命曾参与反击匈奴战的荀彘率兵从陆路出辽东（今满洲里），楼船将军杨仆率五万青齐（今山东）军从齐地渡过渤海，水陆两路进军朝鲜。杨仆率领七千人的部队先行抵达，等候陆军。不料荀彘的陆军被朝鲜大军拦截。一支朝鲜军见杨仆的兵力不足，便出其不意地突击汉军的战船。受到朝鲜军猛攻的汉军不得不撤退，战船严重受损。杨仆本人的战船被击溃，在一座小岛搁浅，滞留了十多日才获救。杨仆集合溃散的士卒，沿海岸北上到达今天的大同江一带，准备支援荀彘的陆军。但杨仆没有冲破朝鲜军的防御，而荀彘与敌军休战后，命人抓了杨仆。
消息传到朝廷后，汉武帝大怒，撤了杨仆和荀彘的职并按军法处置，任命公孙遂为水陆两军总将领。公孙遂率军击败了朝鲜，汉朝因此将朝鲜纳入版图中，并设立为四郡。
南越（广东）和闽越（福建）平定后，较顺利地融入了中国版图中。与此相反，朝鲜和东京两个地区的语言及文化风俗与中国截然不同，并不能轻松地接受中国的统治。从汉武帝死后到王莽篡汉，这个时期内朝鲜部分地区爆发叛乱，直至公元41年，恢复汉室的光武帝刘秀才派水师收复叛乱地区。
同年，征侧和征贰两姐妹在安南举兵，并得到各地纷纷响应，成千上万的当地人开始加入反抗东汉政权的队伍。征氏姐妹夺取了安南北部，甚至今天广东的部分地区，并建立政权。
刘秀任命马援为伏波将军，刘隆为副将，段志为楼船将军，出兵安南。到合浦港（今雷州半岛）时，段志染病去世，马援亲自率领楼船军向南航行。公元42年春，船队在海上遭遇敌军，击毙对方数千人，俘虏万余人。如果从现代的角度来看，这可能是历史上中国首次对外的海战。
接着，马援率大小楼船两千多艘，战士两万多人，继续南下到达九真（今越南清化附近），彻底消灭敌军，并带回被俘的反抗军首领。马援平定征氏姐妹叛乱后，在日南郡（近今越南河静省）竖立铜柱作为汉帝国最南界。
公元42年的这场由马援在东京海岸统率的海战，无可争议地翻开了中国海军史的新篇章。在此之前，中国在江河湖海上的水战只发生在中国人或与中国风俗文化相近的民族内部之间。而马援的这场战役是中国水军首次在公海上对战真正的“外国”水军，即今天的越南水军。
到公元1世纪，国家间的海上外交和贸易往来已经不胜枚举。汉朝平定南越后，派朝廷官员率领船队从合浦港起航到达印度东海岸。后来，罗马帝国的商人发现，利用季风，可从红海的一些港口出发到达锡兰，穿越孟加拉湾经过马来半岛来到被当时罗马人称作“卡蒂加拉”的东京。
贸易兴盛之后，朝廷也慢慢组织海军保护往来的商队，并开展海上侵略的反击战。马援这支两千人的楼船战队彰显了中国水军在南海的实力。但是，先前叛乱的安南军队能够组织船队正面与之对抗，也说明了安南人的水军实力并不弱。再往南，占婆人、高棉人以及爪哇人都有自己的水军队伍，相互不断挑起海上争端。进入公元纪年，按一位历史学家的说法，“中国边境的海域就相当于地中海”。
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