2019-11-28 LOBSTER在GPU上多线程并行提交方法

问题：

一般VASP计算时采用MPI多进程并行计算，而LOBSTER只能进行多线程并行计算，如何提交？

解决方法：

export OMP_NUM_THREADS=8

lobster-3.2.0 > lobster.log &

注意：

这里的GPU服务器有两个CPU，每个CPU有4个核，以上提交方法是在没有任务排队的情况下运行。

当有别人已有计算任务在算时，占用了CPU0，这时自己再提交任务则提交到CPU1，可以设置线程数为4，进行加速。

当正在计算的任务是自己的时候，占用了CPU0，再计算时线程数最多只能是CPU0上剩余的核数。

附件：

提交LOBSTER时的pbs脚本。

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#!/bin/bash

#PBS -N jobname

#PBS -q batch

#PBS -l walltime=100:00:00

#PBS -l nodes=1:pq:ppn=8

#PBS -r n

#PBS -j oe

#PBS -o /home/shsun/feedback

#PBS -m bea

export NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE`

echo ------------------------------------------------------

echo 'This job is allocated on '${NPROCS}' cpu(s)'

echo 'Job is running on node(s): '

cat $PBS_NODEFILE

echo ------------------------------------------------------

echo PBS: qsub is running on $PBS_O_HOST

echo PBS: originating queue is $PBS_O_QUEUE

echo PBS: executing queue is $PBS_QUEUE

echo PBS: working directory is $PBS_O_WORKDIR

echo PBS: execution mode is $PBS_ENVIRONMENT

echo PBS: this script pid is $$

echo PBS: job identifier is $PBS_JOBID

echo PBS: job name is $PBS_JOBNAME

echo PBS: node file is $PBS_NODEFILE

echo PBS: current home directory is $PBS_O_HOME

echo PBS: PATH = $PBS_O_PATH

echo ------------------------------------------------------

cd $PBS_O_WORKDIR

export OMP_NUM_THREADS=8

date

lobster-3.2.0 > lobster.log

#MPIRUN=/home/pub/MPI/openmpi/1.6.4/bin/mpirun

#VVASP=vasp-gpu-vtst5.4.x

#VASP=/home/pub/bin/$VVASP

#$MPIRUN -np 3 $VASP > vasp.log

#tar czvf chg.tgz CHG

#rm CHGCAR WAVECAR

#rm CHG* WAVE*

date

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