关于canu的使用测试

作者: 天秤座的机器狗 | 来源:发表于2018-07-14 16:40 被阅读62次

由于我有自己的三代subreads需要组装，我先看一下canu组装的效果，再此之前，先用官方提供的测试数据Escherichia coli K12（来自Pacific Biosciences）进行操作
首先进入canu的官方站

image.png

然后找到下载的界面

image.png
下载安装canu的方式有两种source code和binary distribution
安装步骤一步步下载安装即可
下载安装好之后，就下载官方提供的Escherichia coli K12的fastq文件

curl -L -o pacbio.fastq http://gembox.cbcb.umd.edu/mhap/raw/ecoli_p6_25x.filtered.fastq

因为我自己的数据是PacBio的，所以我也就下载了Escherichia coli K12的PacBio的测序数据。

关于canu的使用测试
由于我有自己的三代subreads需要组装，我先看一下canu组装的效果，再此之前，先用官方提供的测试数据Esch...
canu-2
学习网址： https://canu.readthedocs.io/en/latest/ 执行命令测试数据下载 ...
canu
学习网址：https://github.com/marbl/canu canu安装文献阅读 Koren S, W...
关于前端页面测试那些事
关于函数测试，比如有一些固定的输入输出，可以使用mocha来进行测试，参考 Mocha测试基本使用。关于页面功能的...
Canu
Canu Canu是基于OLC算法，具有长reads的自纠错和组装功能，是应用最为广泛的三代组装软件（速度相对较慢...
使用Canu对三代测序进行基因组组装
Canu简介 Canu是Celera的继任者，能用于组装PacBio和Nanopore两家公司得到的测序结果。 C...
三代测序组装工具Canu学习笔记
Canu简介 Canu是Celera的继任者，能用于组装PacBio和Nanopore两家公司得到的测序结果。 C...
Canu | 三代测序数据组装软件②
Canu软件简介 Canu软件是Celera Assembler基因组组装软件的一个分支，能利用测序错误率较高的三...
golang分层测试之http接口测试入门
前言前几话主要讲解关于使用golang进行单元测试，在单元测试的上一层就是接口测试，本节主要讲使用golang进...
使用Canu拼接基因组的参数设置
Canu 参数调整 What parameters can I tweak? For all stages: 所有...

网友评论

本文标题：关于canu的使用测试

本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/lfyypftx.html

关于canu的使用测试