circos作图

本文学习参考：
生信媛：https://mp.weixin.qq.com/s/qXDlKf7ut8QF2c5_0hiKpA
http://circos.ca/

circos 用于基因组圈图。
circos是用perl写的程序，依赖一些perl模块。安装主要是GD等模块的安装。

circos常用参数：

circos -conf circos.conf #运行软件
常用参数：
-version 
-modules 检测是否将所需的perl模块都安装上
-outputdir 设置输出文件的路径
-outputfile 设置输出文件名的前缀

使用circos画出基因组圈图，（实例数据为水稻）；需要准备的文件：

1.是karyotype.txt

第一列：通常为chr，是对染色体的描述；

第二列：通常为-；

第三列：是染色体的ID；

第四列：染色体的标签，该值可以直接展示到圈图上；

第五列：起始位置；

第六列：结束位置；

第七列：染色体或者band的颜色。

chr     -       Chr1    1       0       43270922        chr1
chr     -       Chr2    2       0       35937249        chr2
chr     -       Chr3    3       0       36413818        chr3
chr     -       Chr4    4       0       35502693        chr4
chr     -       Chr5    5       0       29958433        chr5
chr     -       Chr6    6       0       31248786        chr6
chr     -       Chr7    7       0       29697620        chr7
chr     -       Chr8    8       0       28443021        chr8
chr     -       Chr9    9       0       23012719        chr9
chr     -       Chr10   10      0       23207286        chr10
chr     -       Chr11   11      0       29021105        chr11
chr     -       Chr12   12      0       27531855        chr12

2.主配置文件（circos.conf）

<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>
<image>
<<include etc/image.conf>>
</image> #以上部分不需要修改的标准参数

karyotype = karyotype.txt
chromosomes_units = 1000000 #设置长度单位，一下设置表示为1M长度的序列代表为1u。
chromosomes_display_default = yes #默认是将所有的染色体都展示出来。

<ideogram>
<spacing> #设置圈图中染色体之间的空隙大小，以下设置为每个空隙大小为周长的0.5%
default = 0.005r
</spacing>
radius = 0.80r #设定ideograms的位置，即在离圆心80%处
thickness = 6p #设定ideograms的厚度
fill = yes #设定dideograms是否填充颜色，颜色由karyotype最后一列决定
fill_color = deepskyblue
stroke_color = black #设定ideograms轮廓的颜色及其厚度
stroke_thickness = 1p
show_label = yes #设定是否显示label,对应的是karyotype文件的第四列
label_font = light
label_radius = 1r + 110p #当显示标签的时候必须要有的参数，用来设定label的位置
label_size = 30
label_parallel = yes #设定label的字体方向，yes是易于浏览的方向
</ideogram>

show_ticks = yes  #是否显示标记，染色体刻度
show_tick_labels = yes 
<ticks>
skip_first_label = no 
skip_last_label = no
radius = dims(ideogram,radius_outer)
color = black #设定标签颜色
thickness = 2p
size = 30p 
multiplier = 1e-6 
format = %.2f #label值的格式化方法；%f结果为浮点数，这个是表示结果为小数点后保留2位
#以下设定了2个ticks,前者为小刻度，后者是大刻度。
<tick>
spacing = 2u #设定每个刻度代表的长度，其单位有u，即1u = chromosomes_units = 1000000.
size = 10p #设置tick的长度
show_label = no 
thickness = 3p
</tick>
<tick> #此处设置的是大刻度
spacing = 10u
size = 20p
show_label = yes
label_size = 25p
label_offset = 10p #设置ticks' label离ticks的距离
format = %.2f
</tick>
</ticks>
###########以上即可显示基因组的基本信息#########################
#####highlights还可以加上一些基因组的注释信息等#######
<highlights>
z = 0
<highlight>
file = gene.gff3 #文件信息包括染色体位置，起始位置，终止位置
r0 = 0.90r #r0和r1代表这个图形的起始和终止分别距离圆心的距离
r1 = 0.99r 
fill_color = blue #即外圈注释为蓝色
</highlight>
<highlight>
file = transposon.gff3
r0 = 0.81r
r1 = 0.90r
fill_color = red
</highlight>
</highlights>
###################以下用于绘制图形#############
<plots> ###此行一定要添加否则不能显示直方图等
<plot>
type = histogram 
thickness = 1p 
file = gc.histogram.txt ##该文件有四列，例子：Chr1 0 199999 0.4585
r1 = 0.57r #设置直方图的位置，r1要比r0大，默认方向向外
r0 = 0.48r
fill_color = red
orientation=out
<backgrounds> #设定直方图的背景颜色
<background>
color=vvlgrey
</background>
</backgrounds>
</plot>
</plots>

<<include etc/housekeeping.conf>>

结果如下

circos.png