崇祯三年十月，东江游击周文煌疏请毛文龙恤典，崇祯的旨意是：“文龙历年糜饷，牵制无功，文煌岂得借端渎奏，本当究处，姑念愚弁从宽，其文龙骸骨准亲人领埋”。（《崇祯长编》卷39）
《漩声记》程本直也说：“犹幸皇上之圣而明也，一则曰‘文龙有应得之罪也’，再则曰‘不得藉口于崇焕也’。是则文龙之杀，文龙之罪也，而非崇焕罪也”。
《崇祯朝野纪》记载：“崇焕既诛，有东江旧弁周文煌，具疏为毛文龙诉冤，奉旨云：逆督擅杀岛帅，罪案已定，文龙历年糜饷，牵制无功，岂得乘机借端，希叨忠义。周文煌渎奏不伦，本当重处，念系愚弁，姑饶他。观此旨，始知杀袁为毛报仇，非圣意也。又有义士许俊上疏为袁讼冤云：某日提兵至京营，于某处发火器矢石斩首若干，又某日于某处斩首若干。若云款云勾，则三日所得首级何来。若云不敢为退衄，则后此能战者何人。疏入，下郡议，谪戍。其人复上疏曰：崇焕若通敌卖国，则臣为贼党，当与袁同诛，若袁非卖国，则臣言无罪，谪戍非律，疏入亦不究。”
“文龙力足牵制”，
“大清恶文龙蹑后”，
“岛弁失主帅，心渐携，益不可用，其后致有叛去者。”
“文龙既死，甫逾三月，我大清兵数十万分道入龙井关、大安口。”———《明史》卷259。
“袁崇焕虽稍有才略而粗自率用，前此平台召对已为大言不惭。至毛文龙虽慓悍不驯，初未显然跋扈……崇焕即欲加裁制，要有控驭之方，纵罪当诛，亦应请命于上，乃以礼节微嫌，辄行诱杀，其专擅之罪较张浚杀曲端为更甚 。”
——满清·乾隆（《御批历代通鉴辑览》卷114）。
满清《啸亭杂录》 ：
“袁崇焕之杀毛文龙，其事甚冤。世儒以崇 焕后死可悯，故尔掩饰其过，至谓毛文龙果有谋 叛诸状，非深知当日之事者也。文龙守皮岛多 年，虽有冒饷、抗据诸状，然其兵马强盛，将士多 出其门，本朝佟、张二将尽为彼害，使留之以拒 大兵，不无少补。崇焕乃不计其大事，冒昧诛 之，自失其助。遂使孔定南诸将阴怀二心，反为 本朝所用，此明代亡国之大机。岂可因其后日 之死，乃遂掩其过也。 ”
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