DnaSP 种群遗传多样性分析2023-03-08

作者: 土雕艺术家 | 来源:发表于2023-03-07 10:05 被阅读0次

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基于的ssr 遗传多样性分析

DnaSP 6.0计算

系统发育分支的多态位点数( polymorphic sites，S)
单倍型数( the number ofhaplotypes，H)
单倍型多样性(haplotype diversity，Hd)
核苷酸多样性(nucleotide diversity，Pi）

准备好对齐的序列alignment。打开DnaSP 6.0软件后点File选择Open Data File...选择需要进行分析的对齐序列。

image.png

DnaSP 6.0默认应该是选择All Data Files但是这个格式不认识文件后缀是.fasta,选择最下面的All files就可以选择输入的文件了。

image.png

文件导入以后点开Analysis菜单栏的DNA Polymorphism，弹出的窗口直接点ok，就可以得到开头所说的四个数值。

Polymorphism多态性

image.png

image.png

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