Sanger 和 Sanofi 验证 scRNA-seq 证据提

结论

通过 scRNA-seq 分析发现，以下两种类型的靶点能显著提高基因–疾病配对成功进入临床的概率

（1）在疾病相关组织中呈现特定细胞类型的表达特异性（cell type specificity）：

例如肿瘤的一些靶点，PD-1 在 T 细胞中特异表达（cell type specificity）

（2）在疾病患者 vs. 健康对照中，在特定细胞类型中过表达（disease cell specificity）：

例如自免的一些靶点，IL-6 在炎症状态下巨噬细胞中过表达（disease cell specificity）

方法

步骤1：
对于每种疾病，通过高变异基因（HVG）选择和差异表达（DE）分析，识别了细胞类型特异性和疾病细胞特异性基因。通过对30种疾病进行分析，将 33654个基因-疾病（G-D）对标注为细胞类型特异性，将 60851 个 G-D 对标注为疾病细胞特异性。

步骤2：
为了将单细胞RNA测序（scRNA-seq）支持与临床成功相关联，从Open Targets平台中提取了关于已获批准或正在试验中的药物靶点的信息（n = 2358种药物，其研究的疾病为获批或试验适应症）。

步骤3：
在这些疾病中，将 2925 对 G-D 标注为安全（通过一期临床），其中 1646 对同时也有效（通过二期临床），还有601对通过了三期临床。然后，计算了是否有来自 scRNA-seq 数据支持的临床成功几率。

处理代码

https://github.com/emdann/sc_target_evidence/

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