脚本更新--低精度(visium、stereo-seq bin
作者:
单细胞空间交响乐 | 来源:发表于
2025-11-18 11:06 被阅读0次作者,Evil Genius
劳动仲裁已提交,等待结果吧。
这让我想起了当初23年出事的时候有人攻击我,说我已经这么惨了居然还在更新文章,绝对是个骗子,那么现在这种情况下,估计还会有人这么说。
就像张雪峰这样的人,只是为了普通百姓的孩子有个好前程,也被某些人黑的够呛,现在也不敢像当初那样敢说大实话了。
可能还是接触的少,有些人的心为什么这么黑暗呢?这些人到底经历了什么?
今天我们更新脚本
低精度(visium、stereo-seq bin > 50)的细胞邻域分析
参考文章来自于王凌华的经典文献
分析方法如下
我们来解析一下分析步骤
第一步:单细胞空间联合,文章采用了RCTD。
第二步:将CAF推断占比超过0.37的spot定义为CAF富集中心spot(这个在分析中可能会调整)。
第三步:针对每个中心spot,选取其相邻的6个spot,共同构成CAF中心点的邻域区域。
第四步:计算这7个spot细胞类型组成的平均值,生成每个CAF中心邻域区域的等效邻域向量。
第五步:采用主成分分析(PCA)对spot×细胞类型组成矩阵进行因子分解。最终得到的spot×前5主成分矩阵用于Leiden聚类。
我们来实现一下,这里我们采用python脚本实现,单细胞空间联合采用cell2location,这里注意把cell2location联合后的结果均一化到0-1,用argparse进行封装,封装类脚本怎么写大家可以参考培训计划2025番外--linux、R、python培训
本文标题:脚本更新--低精度(visium、stereo-seq bin
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