此前，介绍过在转录组分析过程中使用HTseq统计reads数量；HTseq统计reads数量。本次介绍一款速度较于HTseq快很多的reads 数量统计软件。
wget https://sourceforge.net/projects/subread/files/subread-2.0.1/subread-2.0.1-Linux-x86_64.tar.gz
tar zxf subread-2.0.1-Linux-x86_64.tar.gz
添加环境变量即可
featureCounts -T 6 -p -t exon -g gene_id -a test.annotation.gtf -o test_featureCounts.txt test.sorted.bam
参数说明
-a: 输入GTF/GFF注释文件
-p: 针对paired-end reads
-F: -a参数的是个，默认为GTF
-g: 选择哪个部分作为reads count；默认为gene_id
-t: 与-g类似，默认为exon
-o：输出文件
-T：线程数
后续则可进行差异分析
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本文标题：featureCounts 统计reads数量
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