脚本：get_annotated_regions_from_gb.py
作用：将gb文件（氨基酸序列）转化为gene与intergene两个fasta文件（碱基序列）。
特性：该脚本可以对包含多物种叶绿体的gb文件进行提取（例如从ncbi批量下载得到的gb），gb文件中的所有叶绿体都会被执行相同的gene与intergene提取作业。
python get_annotated_regions_from_gb.py NC_047400.gb NC_047400.gb NC_047400.gb \
-o legume.cds -t CDS --mix
Gene sequence
Intergene sequence
多物种基因提取
参考资料：
How to assemble a target organelle genome using my own reference?
如题，目的是从fasta文件中批量提取特定的基因序列.实现办法有几种： perl脚本：CSDN博主「little^...
1. 将fasta中的header name替换为对应的fasta文件名 2. 提取fasta文件第一条序列信息 ...
将gbk格式文件转换成fasta格式文件 将多个fasta序列中提取含有'Homo sapiens'的序列 请关注...
用法1 用法2 以上两种，结果都储存在gen.txt中 对于没找的基因序列，在基因名字下面用 no found 代替
有需求将多个单个基因序列.fasta文件合并到一个多序列的.fasta文件里，方便后续的序列比对和进化分析 采用W...
数据： 研究物种的基因组文件：Protein.fasta 近源种的基因家族蛋白序列 :protein.fasta ...
前言 做生分析有时候需要从基因组fasta文件中提取基因的序列，对于这个需求有不少现成的软件可以来实现，今天来...
一个从 fasta 文件中随机抽取序列的脚本。
从一个文件(input.fasta)提取第10至20个序列存到另一个文件(output.fasta) 将某一文件(...
格式 fasta是一种仅包含序列与序列名称的文件格式，主要用于存储生物的序列信息，如基因组、基因的核酸序列或氨基酸...
本文标题：从gb文件中提取基因与间隔区的序列（fasta文件）
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/tgitjjtx.html
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