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使用conda安装RepeatMasker

使用conda安装RepeatMasker

作者: 花生学生信 | 来源:发表于2022-03-01 20:28 被阅读0次

之前使用conda安装RepeatMasker,需要注意以下问题,现在整理一下:

首先使用conda安装软件,


conda install RepeatMasker

我的conda是装在annotation里的,所以安装好的RepeatMasker是在share里面的

image

切换至所在目录 ,配置文件


./configure

提示会有依赖环境缺少,主要是指定trf、rmblastn,使用conda既可安装。

所依赖的注释库可以在官网下载,因为注册较麻烦,可以用我下载的版本

链接:https://pan.baidu.com/s/14gM8kurJRaA1ZZC3fG84jQ

提取码:2jg3

使用wget下载到RepeatMasker目录下,再用tar -zxvf解压文件,继续配置文件

image

载入数据库:


image

配置完成后运行脚本:


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生成文件:


image

统计信息:


image

之前在云服务器上试了用conda装RepeatMasker,装不了,可能是配置不是很好的原因,所以用安装包的方式进行了安装,效果是一样的,这里就不再赘述。

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