脚本更新----cellular neighborhood

作者，Evil Genius

4月中旬了，时间飞快。

经过一段时间的项目积累，文献阅读以及方法调试，关于最新的空间分析脚本也逐渐成熟了，后续可以大规模投入到项目中使用了。

初步预估了一下，参考文献将近100篇左右，项目有十几个，中间各种的调试更是不计其数。

其中一些典型的分析内容和脚本会在我们的培训课上分享给大家。

做生信分析就是这样的，网上一大堆代码，目标只是分析有个结果就成，那很简单，但是如果想要分析的很好，放在高分文章里，赋予严格的生物学意义，就比较难。

有的老师甚至对分析有偏见，说分析不都是那些么，拿着代码抄就行了，如果真的是这样，我觉得人人都能发nature。

高考大家学的内容一样的，那人人可以考上北大么？英雄联盟（lol）大家都玩一个游戏，每个人按下R键效果都是一样的，那为什么faker身价几十亿，我们还在黑铁混呢？

其实更多的是，经验积累 + 灵活运用 + 核心逻辑。

今天我们完成更新好的cellular neighborhood脚本，其中像IMC、CosMx、Xenium、CODEX等均适用。

CODEX
CODEX
visium
Xenium
CosMx

其中无论那种平台，其邻域分析的核心就两种，如下图

第一种
第二种

两种模式都有道理，都有高分文献运用，个人倾向于第一种。

还有需要注意的是每种空间平台的坐标与实际距离是不一样的，需要矫正一下。

python脚本的封装也是大家需要学习的。

def main():
    # Set up argument parser
    parser = argparse.ArgumentParser(description='Perform spatial neighborhood analysis and clustering on single-cell data.')
    
    # Required arguments
    parser.add_argument('--input_h5ad', required=True, help='Path to input h5ad file containing spatial single-cell data')

实现的脚本,我们需要构建邻域并且leiden聚类。