思维导图

Day6 思维导图.png

从tidyr包开始学起

准备工作：学会获取R包的小抄
链接：[https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/]
回复生信星球公众号包的名字也可以获取。

安装R包
(1) 设置好工作目录（包会默认安装在工作目录里）
(2) 查询是否存在需要的包：library(tidyr)
(3) 下载和安装tidyr：install.packages("tidyr")，直到控制台出现>
(4). 安装成功后加载，没有报错就是成功：library(tidyr)

新建数据框
a<-data.frame(GeneId = rep("gene5",times=3),SampleName =paste("Sample",1:3,sep=""),Expression=c(14,19,18))
rep:重复函数，括号内为重复字符与次数
paste:连接两个字符串，括号要填两个待连接字符并指定分隔符（sep），没有分隔符就填sep = "";拼接字符串函数：
括号内行列名不用加引号，但是其他单元格中的字符串要加双引号
数字作为行列名要加引号
行raw
列column，简化为col

1.Reshape Data

gather(a,X1999,X2000,key = "year",value = "cases") 或 gather(a,year,cases,-country) #-country的意思就是合并除country外剩下的列。

2.Handle Missing Values

处理丢失的数据。就是某些单元格有空值的情况。

三种处理方式：
(1).删除整行
(2).根据上下文（瞎）蒙一个
(3).同一列的空值填上同一个数。

X<-read.csv('doudou.txt')
在这里补充下csv的导入和导出方式。(默认参数好，学R没烦恼)
导入：X<-read.csv('doudou.csv')
导出：write.csv(X,'doudou.csv')
drop_na()：有空值的，整行删除掉
括号里填数据框名，依据的列名（有空值那一列的列名）
drop_na(X,X2)
fill()，根据上一行的数值填充上（好应付的感觉）
fill(X,X2)
replace_na()，空值填进去特定的一个数值（还是在应付）
括号里填数据框名，要填的列名=要填的值
replace_na(X,list(X2=2))

3. Expand Tables

complete（把空值的位置补全）
complete(x,nesting(X1),fill=list(X2=5))
读取数据com.csv
com <- read.csv("com.csv")

生信星球.png

expand (列出每列值所有可能的组合)
pin2<-data.frame(GeneId = rep("gene5",times=3),SampleName =paste("Sample",1:3,sep=""),Expression=c(14,19,18))
expand(pin2,GeneID,SampleName,Expression)
出现了一个新表