AMPK是一个异源三聚体蛋白，三个亚基的编码基因分别为PRKAA，PRKAB，PRKAG。
图说AMPK及其信号通路的功能 - 知乎 (zhihu.com)
AMPK活化的作用就是促进分解代谢以减少合成代谢的过程，也就是减少ATP消耗，增加ATP合成的过程，维持能量平衡。
AMPK激活是指AMPK蛋白由非磷酸化变为磷酸化，磷酸化亚基一般为AMPKα，
那么，如果你有转录组学数据，如何从转录组学结果中判断AMPK是否激活呢？
我们知道，转录组学只能检测RNA水平表达的变化，并不能直接判断AMPK是否激活（磷酸蛋白组学可以），也就是检测磷酸化的AMPKα水平，这是最直接的证据。要想通过转录组学判断AMPK是否激活，不妨从结果出发，也就是推测AMPK激活后，哪些基因的mRNA会发生变化，以及发生什么样的变化。
https://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?hsa04152
hsa04152.png
我们在AMPK下游找到三个重要的蛋白，HNF4α，TORC2，SREBP1c，由于他们的箭头都指向DNA，表明他们都为转录因子。也就是说，这些转录因子激活后，都可以激活下游基因的转录！没错，这些都可以通过转录组学检测到。
换句话说，当转录组学检测到，G6Pase编码基因（G6PC，G6PC2，G6PC3），PEPCK编码基因（PCK1，PCK2），PGC-1α编码基因（PPARGC1A），FAS（FASN），ACC1（ACACA），SCD 1 mRNA水平表达下降时，就可以间接推测AMPK已激活。
为什么是"推测"而不是"一定"呢？因为PI3K-Akt的激活同样会抑制G6Pase，PEPCK。
Cordycepin Ameliorates Nonalcoholic Steatohepatitis by Activation of the AMP-Activated Protein Kinase Signaling Pathway - PubMed (nih.gov)
下载了这篇文章的转录组原始数据，发现不管是里面的动物实验还是细胞L02实验，RNA-seq分析的结果和文章里结果完全的反的，可能作者把组别标反了。
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