fasterq-dump

• fasterq-dump解压的一些细节 - 简书
  所以很容易看明白为何速度就是上不去，因为内存和缓存限制，需要改这些参数才行，不能用默认的(有服务器的才这么搞，本地就算了）

fasterq-dump -e 30 -3 -b 100MB -c 200MB -m 2000MB *sra

• fasterq-dump | 多线程转化NCBI-SRA数据

方法

• fastq-dump、fasterq-dump和parallel-fastq-dump处理SRA文件的速度比较 - 知乎

注意fasterq-dump处理10x数据的参数是--split-files --include-technical，仅加--split-files得不到三个文件

fasterq-dump -e 48  -O ./  -b 200MB -c 400MB -m 4000MB --split-files --include-technical SRR28995922.sra  ; pigz -p 48  *fastq


fasterq-dump -e 48 -O ./ -b 200MB -c 400MB -m 4000MB --split-files --include-technical SRR20330028.sra; pigz -p 48 *.fastq; cp *.gz /home/106/spaceRanger/spaceranger-3.1.2/datasets/Cancer_N_HPV/FATQ/