jbrowse centos安装过程

2019.04.19

jbrowse centos安装过程

安装apache

1.安装

```yum -y install httpd```

2.开启apache服务

```systemctl start httpd.service```

3.设置apache服务开机启动

```systemctl enable httpd.service```

4.验证apache服务是否安装成功

在浏览器中输入IP地址，出现testing123就证明安装成功

安装前配置

```sudo yum groupinstall "Development Tools"

sudo yum install libpng-devel gd-devel zlib-devel perl-ExtUtils-MakeMaker```

在Apache环境下安装，在/var/www/html/ 操作

```curl -O https://github.com/GMOD/jbrowse/releases/download/1.16.4-release/JBrowse-1.16.4-desktop-linux-x64.zip

unzip JBrowse-1.12.3.zip```

将解压后的文件夹改名

```mv JBrowse-1.12.3 jbrowse

cd jbrowse

./setup.sh```

等待时间有点长

安装结束时会提示访问的ip地址

注意我们安装的根目录是ip/jbrowse

格式化序列文件

```bin/prepare-refseqs.pl --fasta /pub1/dl/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa```

格式化注释文件

```bin/flatfile-to-json.pl --gff /pub/dl/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.36.abinitio.gff3 --trackLabel 'GFF3 Annotations'```

更改数据文件名

```mv data Arabidopsis_thaliana```

使用新地址访问，data后面填写的就是文件夹名称

http://ip地址/?data=Arabidopsis_thaliana