2022年喜欢的100个R包--（一）gggenes

作者: 纵纵纵小鸮 | 来源:发表于2022-01-11 16:40 被阅读0次

R语言gggenes包，基因组箭头图
原来可以用R这么画基因结构图
2022年喜欢的100个R包--（一）gggenes
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画染色体上的基因分布图；

代码：

install.packages("gggenes")

library(ggplot2)

library(gggenes)

mydata<-read.csv("YSDR-annotation.txt", sep="\t")

mydata

p1<-ggplot(mydata, aes(xmin=start,xmax=end,y=chr,fill=gene))+

geom_gene_arrow() +

scale_x_continuous(limits = c(0, 200000),breaks=seq(0,200000,25000))+

facet_wrap(~ chr, scales = "free", ncol = 1, nrow=1) +

scale_fill_brewer(palette = "Set3")+

theme(legend.position = "bottom" )+

#geom_point(df, mapping=aes(x=BP,y=10),color="orchid")+

theme_genes()

p1

图：

R语言gggenes包，基因组箭头图
R语言gggenes包，基因组箭头图
原来可以用R这么画基因结构图
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