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科研图谱/可视化工具集锦 Science mapping too

科研图谱/可视化工具集锦 Science mapping too

作者: Silv_Kim | 来源:发表于2020-10-24 23:54 被阅读0次

简单汇总一下目前接触到的一些画network/图谱可视化blabla的工具以及example figures

具体包括:

    1. RAWGraphs
    1. MapEquation
    1. CiteSpace
    1. Sci2
    1. HistCite
    1. VOSviewer
    1. Gephi
    1. Cytoscape
    1. ORA LITE
    1. D3

1. RAWGraphs

简介: 这个网站提供了很多不同种图形的画法,非常适合可视化以及一些演示的过程,只需要注册一个账号就可以使用大部分的图形功能 非常棒的online practice

上手程度:易

Website: https://rawgraphs.io/

Example: Screenshot

2. MapEquation/Informap

简介:提供了类似Informap的map方法, 用了很多flow-based的方法。可以做基本的network,bipartite,multilayer,states,和tree。也可以做alluvial diagram,就可以去看出现了哪些structural changes. 这个可以不需要下载app

上手程度:中

Website: https://www.mapequation.org/apps.html

Example:

网页首页图.png 网络数据图.png

3. CiteSpace

简介:这个之前也介绍过啦,是做biblio的一个很好的工具,尤其对科学引文,可以做很多citation network,cluster network,burst detection, 还有主题时间变化等等。总的来说如果input是英文的biblio data就非常方便也合适。也可以做alluvial diagram之类的。依旧是我现在最喜欢用的工具之一。

上手程度:中

Website:http://cluster.cis.drexel.edu/~cchen/citespace/

Example:

image.png

4. Sci2

简介:这个其实跟citespace功能类似,也都是在java环境下运行,也可以与R结合在一起使用,也可以做time slice。和3. 是可以互用的 看你哪个上手,一般的东西都可以解决掉。

上手程度:中

Website:https://sci2.cns.iu.edu/user/index.php

Example:

Source:https://slideplayer.com/slide/6810272/

5. HistCite

简介:这个我也没有用过,但功能和3.以及4.也是类似的. 但貌似只是比较支持WoS格式。这些biblio data的录入都大同小异,用plain text导入,但要注意各个格式对应的一些subject。

上手程度:中

有一个知乎专栏讲 了介绍:https://zhuanlan.zhihu.com/p/20902898. 并且还提供了一个pro的下载链接

Example:

来自上面那个知乎的figure

6. VOSviewer

简介:这又是另一个可视化的工具,不过功能比较简单,可以实现基本的共引 关键词共现 以及一些简单的聚类。画出的图与Sci2有点类似。

上手程度:易

Website: https://www.vosviewer.com/

Example:

image.png

7. Gephi

简介:也是基于java的一个可视化软件。可以做SNA,link analysis, 也可以通过加一些拓扑属性进去来做一些property的分析。但个人不是很适合我,数据import方式还是比较fixed,layout其实也不是我心水的样子,但还是很便捷的。有个很方便的是可以有plugins,比如可以做一下geolayout,还有其他七七八八的东西。不过结果还是很fancy的。

上手程度:中

Website:https://gephi.org/

Example:

https://link.springer.com/referenceworkentry/10.1007%2F978-1-4939-7131-2_299

8. Cytoscape

简介:主要是用于生物信息方面的,某一次在找画complex network的时候看到了一个示意图,然后就被吸引了,但也并没有怎么用过。也是一个要装java环境的,基本操作以及数据录入和其他软件其实也差不多。

上手程度:由于没试过就不予评价啦

Website:https://cytoscape.org/download.html

Example:

image.png

9. ORA

简介:这个在我之前的文章里也介绍过,功能很丰富,虽然免费版只能处理2000个节点,对于比较小型的还是够用的,功能也很齐全。一些小地方不开心的是time slice以及layout的设置不是很灵活,不过还是很方便的,尤其是可以更仔细地归类agent,knowledge,event等等。Manual非常厚而且很全 感兴趣的朋友 尤其像我这样的小白 顺着大纲读对顺一些知识点很有帮助。

Website: http://www.casos.cs.cmu.edu/projects/ora/

上手程度:中等偏上

Example:

image.png

10. D3

感觉java还是挺重要的,列一些JavaScript的软件,有时间的话打算学习一下。

Website: https://d3js.org/

上手程度:难

Example:

image.png

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