简单汇总一下目前接触到的一些画network/图谱可视化blabla的工具以及example figures
具体包括:
- RAWGraphs
- MapEquation
- CiteSpace
- Sci2
- HistCite
- VOSviewer
- Gephi
- Cytoscape
- ORA LITE
- D3
1. RAWGraphs
简介: 这个网站提供了很多不同种图形的画法,非常适合可视化以及一些演示的过程,只需要注册一个账号就可以使用大部分的图形功能 非常棒的online practice
上手程度:易
Website: https://rawgraphs.io/
Example:
Screenshot
2. MapEquation/Informap
简介:提供了类似Informap的map方法, 用了很多flow-based的方法。可以做基本的network,bipartite,multilayer,states,和tree。也可以做alluvial diagram,就可以去看出现了哪些structural changes. 这个可以不需要下载app
上手程度:中
Website: https://www.mapequation.org/apps.html
Example:
网页首页图.png
网络数据图.png
3. CiteSpace
简介:这个之前也介绍过啦,是做biblio的一个很好的工具,尤其对科学引文,可以做很多citation network,cluster network,burst detection, 还有主题时间变化等等。总的来说如果input是英文的biblio data就非常方便也合适。也可以做alluvial diagram之类的。依旧是我现在最喜欢用的工具之一。
上手程度:中
Website:http://cluster.cis.drexel.edu/~cchen/citespace/
Example:
image.png
4. Sci2
简介:这个其实跟citespace功能类似,也都是在java环境下运行,也可以与R结合在一起使用,也可以做time slice。和3. 是可以互用的 看你哪个上手,一般的东西都可以解决掉。
上手程度:中
Website:https://sci2.cns.iu.edu/user/index.php
Example:
Source:https://slideplayer.com/slide/6810272/
5. HistCite
简介:这个我也没有用过,但功能和3.以及4.也是类似的. 但貌似只是比较支持WoS格式。这些biblio data的录入都大同小异,用plain text导入,但要注意各个格式对应的一些subject。
上手程度:中
有一个知乎专栏讲 了介绍:https://zhuanlan.zhihu.com/p/20902898. 并且还提供了一个pro的下载链接
Example:
来自上面那个知乎的figure
6. VOSviewer
简介:这又是另一个可视化的工具,不过功能比较简单,可以实现基本的共引 关键词共现 以及一些简单的聚类。画出的图与Sci2有点类似。
上手程度:易
Website: https://www.vosviewer.com/
Example:
image.png
7. Gephi
简介:也是基于java的一个可视化软件。可以做SNA,link analysis, 也可以通过加一些拓扑属性进去来做一些property的分析。但个人不是很适合我,数据import方式还是比较fixed,layout其实也不是我心水的样子,但还是很便捷的。有个很方便的是可以有plugins,比如可以做一下geolayout,还有其他七七八八的东西。不过结果还是很fancy的。
上手程度:中
Website:https://gephi.org/
Example:
https://link.springer.com/referenceworkentry/10.1007%2F978-1-4939-7131-2_299
8. Cytoscape
简介:主要是用于生物信息方面的,某一次在找画complex network的时候看到了一个示意图,然后就被吸引了,但也并没有怎么用过。也是一个要装java环境的,基本操作以及数据录入和其他软件其实也差不多。
上手程度:由于没试过就不予评价啦
Website:https://cytoscape.org/download.html
Example:
image.png
9. ORA
简介:这个在我之前的文章里也介绍过,功能很丰富,虽然免费版只能处理2000个节点,对于比较小型的还是够用的,功能也很齐全。一些小地方不开心的是time slice以及layout的设置不是很灵活,不过还是很方便的,尤其是可以更仔细地归类agent,knowledge,event等等。Manual非常厚而且很全 感兴趣的朋友 尤其像我这样的小白 顺着大纲读对顺一些知识点很有帮助。
Website: http://www.casos.cs.cmu.edu/projects/ora/
上手程度:中等偏上
Example:
image.png
10. D3
感觉java还是挺重要的,列一些JavaScript的软件,有时间的话打算学习一下。
Website: https://d3js.org/
上手程度:难
Example:
image.png











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