PAML: 进化分歧时间估计

看到一个可进行物种分歧时间估计的方法，是PAML中的一个子程序mcmctree。在此记录。

标题：PAML 4: phylogenetic analysis by maximum likelihood
期刊：Molecular biology and evolution
时间：2007
单位：伦敦大学学院
作者：Ziheng Yang
被引：9724（谷歌学术 2021.12.27）

标题：PAML: a program package for phylogenetic analysis by maximum likelihood
期刊：Computer applications in the biosciences
时间：1997
被引：5509（谷歌学术 2021.12.27）

标题：pamlX: A Graphical User Interface for PAML
期刊：Molecular biology and evolution
时间：2013
被引：244（谷歌学术 2021.12.27）

所以PAML是高被引老牌软件

Github: https://github.com/abacus-gene/paml
作者主页：http://abacus.gene.ucl.ac.uk/
PAML主页：http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html
手册：http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/#phylogenetic-analysis-by-maximum-likelihood-paml

PAML可用于对PAUP*, PHYLIP, MOLPHY, PhyML, RaxML等的reconstructed trees进行参数估计，假说测试来研究进化过程。

软件获取

conda安装

conda install -c bioconda paml 

或者

wget -c https://github.com/abacus-gene/paml/releases/download/untagged-a5659203e8ec0ddb58b8/paml-4.10.1-linux-X86_64.tgz
tar -zxvf paml-4.10.1-linux-X86_64.tgz
rm paml-4.10.1-linux-X86_64.tgz
cd src
make -f Makefile
cd ../bin
mkdir bk
mv baseml basemlg codeml pamp evolver yn00 chi2 infinitesites mcmctree ./bk/
cd ../src/
mv baseml basemlg codeml pamp evolver yn00 chi2 infinitesites mcmctree ../bin/

mcmctree可进行物种进化分歧时间估计：
【mcmctree】使用蛋白数据对物种进化树进行分歧时间估计

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