2021-05-16 结构依赖的RNA可变剪接及其调控因子

        RNA的可变剪接是调节基因表达和产生蛋白质组多样性的重要机制，并且异常的可变剪接与肿瘤等人类重大疾病密切相关，可以作为诊断标志物和治疗的潜在靶点。而以往对于调控RNA可变剪接的研究多集中于RNA的一级结构，即RNA序列特征，针对RNA的二级结构介导的RNA可变剪接研究进展缓慢。而今天分析的这项研究，则是结合计算机算法和全面的分子功能机制分析，深入阐明了一类全新的调控RNA可变剪接中外显子保留的顺式结构元件（structural splicing enhancer，SSE）及其反式调控因子（SNRPA1）。

三言两语

1. 基于RNA结构和序列信息鉴定顺式调节元件的算法pyTEISER (pythonic Tool for Eliciting Informative Structural Elements in RNA)，并对乳腺癌高低转移能力细胞的RNA-seq数据进行分析，鉴定影响乳腺癌转移的RNA结构元件——SSE，并且这些SSE与可变剪接外显子有很高的重合度。

2.利用RNA pulldown技术，鉴定到与SSE互作的反式调控因子SNRPA1，进一步的CLIP-seq也表明SNRPA1通过与SSE互作调控外显子保留。

3.针对SNRPA1及其调控的PLEC和ERRFI1的功能研究表明，SNRPA1-SSE互作促进乳腺癌的转移。

Reference

Fish, L. et al. A prometastatic splicing program regulated by SNRPA1 interactions with structured RNA elements. Science 372 (2021).