rMATS寻找可变剪切

作者: 苏牧传媒 | 来源:发表于2018-11-16 15:14 被阅读15次

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可变剪切

可变剪切：

软件：

地址：http://rnaseq-mats.sourceforge.net/user_guide.htm

python rmats.py --b1 b1.txt --b2 b2.txt --gtf gtfFile --od outDir -t readType --nthread nthread --readLength readLength --tstat tstat [options]*

rMATS analyzes skipped exon (SE), alternative 5' splice site (A5SS), alternative 3' splice site (A3SS), mutually exclusive exons (MXE), and retained intron (RI) events.

所有产生的文件

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主要筛选看：

exon的坐标

ref： http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/346

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