大约在距今4500年前，首次发现于山东济南历城龙山镇而命名的龙山文化已经一统中原，其主体是O2型。虽然中原各地的龙山文化有各自的地域特色，不可能完全被取代。这很可能是夏代之前黄帝部族对炎帝、蚩尤发动了战争，建立了炎黄—东夷部落联盟，于是中原趋于统一的结果。在西南地区，出现了宝墩文化，这是三星堆文化的前身。宝墩遗址位于成都市新津区宝墩镇宝墩村，发掘的宝墩古城是川西地区最早和最大的史前古城，建造于公元前2550年，废弃于公元前2300年，算是蜀的开国之都。从宝墩文化到三星堆文化到十二桥文化到商业街战国青铜文化形成完整链条，对研究长江上游地区的文明起源极为重要。其中宝墩文化高山城遗址遗骨DNA与石岇人群及黄河上游新石器时代晚期人群关联度达94%以上。
大约在距今4000年前，也就是尧舜禹的时代，西北的马家窑文化被发现于甘肃广河齐家坪的齐家文化取代。齐家文化以O2为主体。在中原，龙山文化依然保持强盛，并且出现了位于陕西榆林神木高家堡镇的秃尾巴河北侧的石峁遗址。石岇古人类型有C2、O2。这时南方许多新石器文化走向消失了。例如良渚文化消失了，这可能和4000年前的大洪水或者海平面上升有关。长江中游的文化也消失了，这可能和尧舜禹三代不断南征三苗集团有关。在东北内蒙赤峰松山区夏家店乡夏家店村的夏家店文化开始兴起，其下层发现青铜器，或许和先商文化有一定的联系。夏家店文化人基因类型有N和O3等。
大约在公元前1900年，龙山文化消失了，东夷集团和炎黄集团分道扬镳。位于河南新密市刘寨镇新砦村的新砦期文化成为夏文化的早期，早于二里头文化。新砦遗址的下层为龙山文化、中层为新砦期文化、上层为二里头文化，是早期的夏都。而这时山东青岛平度市东岳石村的岳石文化则是东夷部族的文化。夏朝前期的东夷又被称为九夷，他们活动范围很大，一直和夏朝处于战争的状态。
大约在公元前1600年，是夏朝的末期。夏朝少康中兴之后，得以稳定发展，位于河南洛阳偃师的二里头文化就出现在了夏朝少康中兴之后，他集中分布于豫西、豫中，北至晋中，西至陕州区、丹江上游的商州地区，南至湖北北部，东至开封、兰考一带。这期间商的早期文化已经出现在了河北一带，就是位于石家庄的下七垣文化，整个商部落的活动中心区以滹沱河流域为线向南展开，并以邯郸的漳河流域为核心，为商部落的发源地。后来，商人联合东夷部族消灭了夏朝。在西南地区，位于成都广汉马牧河边的三星堆文化出现，古蜀进入到了文明阶段，这是一种十分特别的青铜文明。此外，陕北的石峁遗址在夏朝时期结束，原因不明，或许是炎黄部族南迁导致北方空虚，据点沦陷。
商朝之后，中国普遍进入到青铜时代，新石器时代基本结束。但在广阔的南方，还有一些比较落后的民族还处于石器时代向青铜时代过渡。
这是中华大地上的新石器时代文化和人类历史的基本状貌。虽然不是全部，但代表了主流，必然与偏隅西南一角的古巴地发生关系或产生影响。
新石器时代的每一个文化类型，都是某一类或部族、联盟和国家的人千百年数千年的文化创造，具有独特性和连续性。因此，每一处遗址所代表的文化特征，都是当时的民族特征；遗址中的人体特征，就是当时的人属特征。每一种新文化类型的产生必然由特定的人类事件引起，综合多个人属部族文化基础上的发展，自然的融合应该有一个渐进的过程，在遗址文化特征上必然反映出来。一种文化的突然消失和在一个地区的突然出现，正反映了古人属部族的迁徙、战争，甚至消逝的因素。这个方法可以突破文字记载的局限，甚至突破神话表现的遥远时代，追溯远古人属部族曾经发生的历史。这个规律同样适用于长江中上游峡江地区的巴地。
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